Изображение области связывания кобаламина (витамина В₁₂) с белком

Сине-зеленая молекула в центре — кобаламин, окрашенны по типам атомов остатки тех аминокислот, атомы которых находятся на расстоянии ближе 4,5Å, остов белка показан красным Сначала я окрасил остов белка и молекулу лиганда, затем задал выделение всех атомов, располагающихся ближе 4,5Å к лиганду, а дальше определил аминокислоты, которым принадлежат эти атомы и выделил их, потом осталось повращать структуру, чтобы получить желаемый эффект, и вот ...

План генноинженерного эксперимента

Аминокислоты, выделенные на рисунке, — первые претенденты на образование водородной связи с лигандом. Из них выбрал те, конфигурация атомов которых свидетельствует о наличие этой связи.
	Далее я заметил, что Thr289 удерживает лиганд с одной стороны, и взаимодействующий атом распологается на значительном расстоянии от остова, а значит,скорее всего, достаточно заменить этот остаток на, например, глицин, и физическое равновесие нарушится, а значит, возможно, нарушится и способность связывания белка с лигандом.
	Другой конец лиганда удерживает целая "кучка" аминокислотных остатков, а значит даже потеря одной связи в ней может не сказаться на способности к связыванию, ну,к примеру, если заменить Asn57 на аспарагиновую кислоту,то , если учесть, что взаимодействующий атом кислорода в Asn57 имеет те же координаты,что и подобный ему атом кислорода в аспарагиновой кислоте, связь и подавно не должна разрушиться.