"Создание паттернов аминокислотных последовательностей"
- фрагмент выравнивания, по которому строились паттерны
- Таблица к упр. 1
результаты поиска по паттернам в банке данных Swiss-Prot
Характеристика паттерна |
Паттерн |
В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? |
Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
Фрагмент последовательности |
GFVPEANLVGRATAIWMS |
1 |
ДА |
Сильный |
G-[FM]-VP-[EDFR]-[EKRA]-N-[LIF]-[VIEL]-G-[KR]-[AV]-[TFVQI]-[KAFVY]-[IV]-[WY]-[MYF]-x(0,5)-[SHW] |
11 |
ДА |
Слабый |
[EDFR]-X-N-[LIF]-[VIEL]-G-[KR]-[AV]-X-X-X-[WY]-{GAV} |
14 |
ДА |
Используя интерфейс PROSITE был произведен поиск по базе данных SwissProt используя различные паттерны
Дополнительно к исходным 8-ми, сильным паттерном было найдено еще 3 последовательности:
Q |
8 |
L |
2 |
J |
7 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
F |
E |
N |
F |
I |
G |
K |
A |
Q |
F |
I |
W |
F |
S |
T |
K |
I |
T |
W |
  |
: |
  |
2 |
3 |
O |
6 |
7 |
0 |
8 |
8 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
R |
E |
N |
I |
E |
G |
K |
A |
F |
V |
I |
Y |
Y |
S |
G |
K |
V |
P |
S |
  |
: |
  |
2 |
3 |
P |
4 |
4 |
4 |
5 |
4 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
K |
N |
I |
V |
G |
K |
A |
T |
Y |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
Q |
9 |
I |
5 |
G |
7 |
  |
: |
  |
G |
M |
V |
P |
D |
R |
N |
I |
V |
G |
K |
A |
F |
A |
V |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
Q |
8 |
9 |
A |
M |
6 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
K |
N |
L |
I |
G |
K |
V |
V |
F |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
H |
  |
: |
  |
1 |
8 |
P |
0 |
0 |
8 |
0 |
3 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
A |
N |
L |
V |
G |
R |
A |
T |
A |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
P |
5 |
7 |
3 |
4 |
7 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
K |
N |
L |
V |
G |
K |
A |
I |
K |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
Q |
8 |
K |
9 |
R |
0 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
E |
N |
L |
L |
G |
K |
A |
T |
K |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
P |
0 |
A |
1 |
W |
3 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
A |
N |
L |
V |
G |
K |
A |
V |
A |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
P |
0 |
A |
1 |
W |
2 |
  |
: |
  |
G |
F |
V |
P |
E |
A |
N |
L |
V |
G |
K |
A |
V |
A |
I |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
P |
2 |
6 |
8 |
4 |
4 |
  |
: |
  |
G |
M |
V |
P |
D |
E |
N |
I |
V |
G |
K |
A |
F |
A |
V |
W |
M |
- |
- |
- |
- |
- |
S |
  |
: |
  |
1 |
8 |
Слабый паттерн нашел кроме всех названных еще 3 последовательности:
    PRKDC_CHICK     PRKDC_XENLA     PURA_YEAST - Все они явно принадлежат другому организму.
Таким образом, существует пока только 1 белок, в котором встречается данный фрагмент
последовательности белка Lep_Ecoli, с помощью сильного паттерна найдены еще 3 белка из того же организма
что может указывать на их общее происхождение, а также с помощью слабого - только 3 белка
из других организмов, что может быть интересно.
|
"Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке LEP_Ecoli"
- Таблица к упр. 2
Результаты поиска мотивов в белке P00803 по данным БД PROSITE
Идентификатор документа PROSITE (AC) |
Название мотива |
Краткое описание мотива |
Тип подписи (паттерн, профиль) |
Паттерн (регулярное выражение) |
Специфична ли подпись? |
Сколько мотивов нашлось в белке? |
PS00501 |
SPASE_I_1 |
Сигнальная пептидаза I с сериновым типом активного сайта |
паттерн |
[GS]-{PR}-S-M-{RS}-[PS]-[AT]-[LF] |
неспецифична |
1 |
PS00760 |
SPASE_I_2 |
Сигнальная пептидаза I с лизиновым типом активного сайта |
паттерн |
K-R-[LIVMSTA](2)-[GA]-x-[PG]-G-[DEQ]-x-[LIVM]-x-[LIVMFY] |
специфична |
1 |
PS00761 |
SPASE_I_3 |
Signal peptidases I signature 3 |
паттерн |
[LIVMFYW](2)-{NLPA}-{T}-G-D-[NH]-{PIEW}-x(2)-[SND]-x(2)-[SG] |
неспецифична |
1 |
"Построение PSSM и определение веса последовательности по полученной матрице"
|
На главную
Второй семестр
|