Торсионные (двугранные углы)

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~turaro/term1/text/ramachandran.html
Дата изменения: Mon Dec 28 14:38:18 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 19:06:49 2012
Кодировка: Windows-1251

Общее описание компонентов структуры в записи PDB 1Z41.

Измерение торсионных углов остатка Thr10 в белке NAMA_BACSU, цепь А.

Название двугранного угла	Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома)	Данный угол описывает поворот вокруг связи	Результат измерения с помощью RasMol
φ	ILE9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А) THR10:A.N (остовный азот 10-го остатка цепи А) THR10:A.CA (альфа-углерод 10-го остатка цепи А) THR10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)	N₁₀ - C^α₁₀	110,98°
ψ	THR10:A.N (остовный азот 10-го остатка цепи А) THR10:A.CA (альфа-углерод 10-го остатка цепи А) THR10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А) ILE11:A.N (остовный азот 11-го остатка цепи А)	C^α₁₀ - C₁₀	127,69°
ω	THR10:A.CA (альфа-углерод 10-го остатка цепи А) THR10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А) ILE11:A.N (остовный азот 11-го остатка цепи А) ILE11:A.CA (альфа-углерод 11-го остатка цепи А)	C₁₀ - N₁₁	178,44°

Изображение, иллюстрирующее определение угла φ


	Проекция N и C^α₁₀ в одну точку, полученный угол равен торсионному углу.

Торсионные (двугранные) углы.

Все пролиновые остатки имеют диапазон двугранных углов 120° - 170° по пси и (-50°) - (-80°) по фи.
Это может быть связано со сложной структурой радикала пролина - аминного кольца, которое сильно изгибает остаток,
вследствие чего последний теряет возможность свободного вращения.
Большинство остатков альфа-спиралей имеют диапазон двугранных углов (-50)° - (-10)° по пси и (-80)° - (-50)° по фи.
Это может быть связано с большим количеством водородных связей в спирали, ограничивающих пространственное вращение.
Торсионные углы глицина имеют очень большой диапазон.
Это может быть связано со сравнительной простотой глицина, не имеющего оптических изомеров и с водородом в виде радикала.
Были определены некоторые из а.о. правой части карты - это лизин, тирозин и аспарагин.
Это связано с их зарядом в радикале и относительной концетрацией заряда в небольшой аминокислоте,
также, похоже, что искажение угла связано с а.о. в реверсивных поворотах.

Сравнительно мало торсионных углов вдоль оси пси в положительном диапазоне фи.
Это может быть связано с тем, что для большого количества остатков со сложным радикалом эта зона перекрывания является нежелательной.