Третий семестр

Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов

Красным цветом отмечены белки миоглобины, они ипользованы в качестве контрольной группы. Остальные являются гемоглобинами Рассмотрим узлы, соответствующие разным цепям гемоглобинов. 1) Белки из одного организма, скорее всего, являются паралогами между собой, т.к., например, белки из Xenopus далеко удалены друг от друга, и наверняка в ходе эволюции произошла мутация. Xenopus 1,2,3 - желтый цвет Human 1,2,3,4 - красный цвет Horse 1,2,3 - сиреневый цвет Chicken 1,2,3,4 - зеленый цвет Danio 1,2 - оранжевый цвет 2) Белки из разных огранизмов Белки группы, обозначенной серыми прямоугольниками(Xenopus 1,2,Human 1, Horse 1, Chicken 1,2, Danio 1) возможно, являются парологами к группе, отмеченной темно-синими прямоугольниками(Xenopus 3,Human 2,3,4, Horse 2,3, Chicken 3,4, Danio 2) А внутри темно-синей группы можно выделить 2 группы - 1. Horse 3, Human 4, Chicken 4 2. Horse 2, Human 2, Chicken 3, Xenopus 3. Белки 1-ой группы, по всей вероятности парологи белкам 2-ой группы. Внутри своих групп они являются ортологами. Представляет интерес белок из Danio(2) - полосатой аквариумной рыбки - он может являтся либо ортологом, либо парологом группе 1 , а может быть либо ортологом, либо парологом группы 2. Если смотреть на Chiken 1,2, то один из них может быть ортологом к серой группе, а другой паралогом к этой же группе.

Здесь приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз (все белки - ортологи).На дереве виден сильный разброс белков из надцарств архей (синие прямоугольники) и бактерий (красные овалы). Неоднородное разделение Архей и Бактерий можно объяснить тем, что при расхождении от общего предка мог произойти горизонтальный перенос. А так же группа Архей не является высококонсервативной внутри себя.