|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~tregubova/projects/Term_3/Credit.html
Дата изменения: Tue Dec 29 14:14:09 2009 Дата индексирования: Thu Apr 8 13:45:17 2010 Кодировка: Windows-1251 |
Зачетное задание
|
Был получен неаннотированный фрагмент гемона Regiella insecticola (1-7000 записи AC192956)
Далее из него был верзан кусок длиной 7000 нуклеотидов.
Потом были найдены все открытые рамки считывания длиной более 240 нуклеотидов в этом фрагменте.Для этого использовалась программа getorf с параметрами: >getorf: -minsize 240 -find 1 -table 11 Эти параметры обеспечивают использование стандартного для бактерий (bacterial) генетического кода,открытой рамкой считается последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном.,а также длину рамки не менее 240 нуклеотидов. Нашлось 14 открытых рамок.Файл ac201621.orf Трансляции всех открытых рамок считывания были запущены на поиск в предварительно отформатированном полном протеоме E.coli (программа blastp - поиск белковой последовательности в белковом банке). Было подсчитано число находок с E-value < 0.001 (программа grep,файл counter.txt) В файле results2.xls приведены результаты поиска для всех рамок считывания, для которых нашлись гомологи из E.coli В файл results_finish.xls были отобраны только те открытые рамки считывания, для которых число находок было больше 0. Гипотетические гены во фрагменте 1-7000 записи AC192956 5'----[=> NUSA_ECOLI,21-896]------[=> LEPA_ECOLI, 899-3568]--------[=> RBFA_ECOLI,3747-4160]----[=>TRUB_ECOLI,4157-5092]--------------------------------3' 3'----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[<=PBPA_ECOLI,6995-5310]--------5' Гены в геноме E.coli(координаты по записи u00096 EMBL) Получим полный геном кишечной палочки >entret embl:u00096 5'------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[=>,PBPA_ECOLI,3523445..3520893]---3' 3'-[<=,LEPA_ECOLI,(2705344..2705823)-[<=,TRUB_ECOLI,(3309855..3310799)]-[<=,RBFA_ECOLI,(3310799..3311200)]-[<=,NUSA_ECOLI,(3314061..3315548)]---------------------------------5' Консервативные гены-RBFA_ECOLI, TRUB_ECOLI, NUSA_ECOLI.Только в случае кишечной палочки между NUSA_ECOLI и RBFA_ECOLI нет ничего,а в гипотетическом геноме между ними вклинился LEPA_ECOLI. |