Оптимизация структур азулена и нафталина с помощью программы Mopac
С помощью программы MOPAC строятся структуры азулена и нафталена.Их SMILES:a.smi и n.smi.
Плоская структура азулена достигается применением в obgen силового поля:
obgen a.smi -ff UFF > a.mol
В результате структуры имеют следующий вид:
азулен
нафтален
Оптимизация геометрии с помощью GAMESS
С помощью программы babel переформатируем координаты в gamin-формат и сохраним.Файлы n_opt.inp и a_opt.inp.
Изменим заголовки
$CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $end $system mwords=2 $end $DATA
И запустим GAMESS с базисом N31.На выходе имеем оптимизированные файлы a_opt.log и nap_fh.log;azu_fh.log; nap_dft.log;azu_dft.log
Расчет энергии изомеризации
В log-файлах расчета энергии есть строчки с "TOTAL ENERGY=",ниже приведены их значения.
| Метод | Нафталин | Азулен | Δ, Hartree | Δ, kCal/mol |
|---|---|---|---|---|
| Хартри-Фок | -383.355 | -383.282 | 0.072 | 45.301 |
| DFT | -385.64 | -385.586 | 0.054 | 34.05 |
Из опытных данных известно,что энергия изомеризации нафталена 35.3+-2.2 kCal/mol,таким образом метод теории функционала (dft) ближе к эксперименту,значит точнее.