Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~tregubova/projects/Term_6/task9.html
Дата изменения: Fri May 27 16:58:17 2011
Дата индексирования: Sun Feb 3 04:56:45 2013
Кодировка: UTF-8
Task9,Term6

Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

1.


В качестве рабочего белка был выбран лизоцим зеленой черепахи.lysc_chemy
С помощью программы ClustalW было построено выравнивание этих двух белков.

2.


Затем полученный файл с выпавниванием модифицировали для использования программы Modeller:
изменили имена последовательностей на 1LMP и SEQ соответственно, так же добавили строчки sequence:ХХХХХ::::::: 0.00: 0.00 после названия исследуемого белка и # structureX:1lmp_now.ent:1 :A: 130 :A:undefined:undefined:-1.00:-1.00 после названия исходного белка.

3.


Для работы с Modellerом pdb-файл с исходным белком был так же модифицирован -- убраны все молекулы воды, молекулы лиганда перенумерованы в одну, у атомов лигнада появились индексы А,В и С. В результате работаем дальше с фалом 1lmp_now.ent.

4.

Исходя из выравнивания и образования водородных связей между белком и лигандом было решено фиксировать 3 связи, образуемых аминокислотами ASN-59,ASN-103 и ALA-107. Управляющий скрипт.

5.


Полученные модели:
< a href = "SEQ.B99990001.pdb">SEQ.B99990001.pdb
< a href = "SEQ.B99990002.pdb">SEQ.B99990002.pdb
< a href = "SEQ.B99990003.pdb">SEQ.B99990003.pdb
< a href = "SEQ.B99990004.pdb">SEQ.B99990004.pdb
< a href = "SEQ.B99990005.pdb">SEQ.B99990005.pdb
Их пространственное наложение:

Как видно, они почти одинаковые. Различия заметны разве что в полодение PRO-47.

6.


Выбор лучшей модели:
С помощью инструментов WHATIF и полученных ими данных:
Оценка качества карты Рамачандрана (Ramachandran plot evaluation):Z-score:
1 -- 0,226; 2 -- 0,269; 3 -- 0,228; 4 -- -0,227; 5 -- -0,018;
Оценка валентных углов модели(anomalous bond lengths):Z-score:
1 -- 0,917; 2 --0,929; 3 -- 0,958; 4 -- 0,931; 5 -- 0,926.
Как видно, все модели непохие, за исключением третьей. Для дальнейших исследований была взята первая модель.