Алгоритмы термостата и баростата
метод Berendsen
Визуальный контроль "утряски" воды:
и
Анализ результатов
С помощью команд:
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
были получены файлы dna_pbc_1.pdb и dna_fit_1.pdb. Второй из них оказался более удобным для анализа. Отсюда же был сделан вывод, что образование В-формы ДНК происходит на 800-ой пикосекунде. Так же можно заметить, что нижняя пара нуклеотидов при этом слегка подплавилась:
Далее расчитаем средне-квадратичное отклонение в ходе моделирование. Сначала отклонение в ходе всей симуляции относительно стратовой структуры:
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1
Затем относительно каждой предыдущей структуры на расстоянии 400 кадров:
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400
Изменение гидрофобной и гидрофильной поверхностей в ходе конформационного перехода определим так:
_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
Как видно, площади гидрофобной и гидрофильной поверхностей почти не меняются. Переход из А в В форму происходит из-за большей устойчивости последней.
Традиционный анализ количества водородных связей, в нашем случае между цепями ДНК:
g_hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna
А так же количество водородных связей ДНК-вода:
g_hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna_sol
