Работа с записью 1KMY.pdb
Белок состоит из одной цепи.В стурктуре имеется ион железа.
Ион и его окружение выделяются командами:
select fe, symbol fe
select fe_ar, byres(fe around 3.5)
show spheres,fe
shoe lines, fe_ar
В результате получается:
Работа с записью 5RNX.pdb
HEADER ELECTRON TRANSFER(IRON-SULFUR PROTEIN) 15-OCT-84 5RXN TITLE COMBINED CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ENERGY TITLE 2 MINIMIZATION OF RUBREDOXIN AT 1.2 ANGSTROM RESOLUTION
Отсюда:
Все три остатка треонина:
| 
| 
|
| thr5, S-конфигурация CB-атома | thr7, R-конфигурация CB-атома | thr28, R-конфигурация CB-атома |
В поле REMARK на эту тему ничего не сказано.
Работа с записью 1GT0.pdb
Год расшифровки 2002.Разрешение 2.6 ансгстрема.
Нужная картинка получается следующим скриптом:
load 1GTo.pdb
select my, resi 75-100
hide all
show lines, my
label my and (n;ca), "%s-%s" %(resn,resi)
ray
png second2.png
Отстаки с 80 по 96 включительно пропущены.
REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 470 REMARK 470 MISSING ATOM REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER; REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; REMARK 470 I=INSERTION CODE): REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS REMARK 470 LYS C 22 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS C 157 CG CD CE NZ REMARK 470 ARG C 158 CG CD NE CZ NH1 NH2 REMARK 470 ILE C 159 CA C O CB CG1 CG2 CD1 REMARK 470 ARG D 19 CG CD NE CZ NH1 NH2 REMARK 470 LYS D 20 CG CD CE NZ REMARK 470 GLU D 24 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 LYS D 27 CG CD CE NZ REMARK 470 GLU D 46 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 LYS D 71 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS D 77 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS D 79 CG CD CE NZ REMARK 470 THR D 80 CA C O CB OG1 CG2
Информация о некоторых пропущенных остатках имеется,но про 80-96 не сказано ничего.