Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~tasha/doc/RESULT.doc Дата изменения: Wed Oct 6 18:24:20 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:26:15 2012 Кодировка: koi8-r

Структура тРНК фенилаланина (Phenylalanine Transfer RNA)
из сахаромицетов

Автор: Третьякова Н.С., 202гр. ФББ


Аннотация
Была проведена работа по исследованию и анализу вторичной и третичной
структуры транспортной РНК фенилаланина (PDB ID: 1evv).

Ключевые слова: вторичная и третичная структура тРНК, комплиментарные
пары, неканонические взаимодействия, нестандартные основания.

Введение

Транспортная РНК - это рибонуклеиновая кислота, ответственная за перенос
аминокислот к рибосомам во время синтеза полипептидной цепи. Известно, что
тРНК имеет вторичную структуру в виде «клеверного листа», который в 3D
сворачивается в т.н. L-структуру. Цель данной работы - это анализ вторичной
структуры транспортной РНК фенилаланина и исследование взаимодействий
оснований вв третичной структуре данной тРНК.

Результаты

1. С помощью программ пакета 3DNA была составлена схема вторичной
структуры тРНК фенилаланина:

76A
C
C
A
C---G1
G---C
C---G Акцепторный стебель
Т-петля U---G
U---A
A---U
Т-стебель A---U D-стебель
U C G U A G H2U
1MA C A C A A 2MG C U C H2U
G | | | | | | | D-петля
C G U G U 5MC G C G A G G
PSU 5MU C 7MG A M2G A G G
U G---C
V-петля G---C
U---A Антикодоновый стебель
5MC G
PSU A
A OMC Антикодоновая петля
YG U
A A OMG


Синим цветом на этой схеме отмечены неканонические взаимодействия между
парами оснований.
Красным цветом выделен антикодон.
Желтой заливкой обозначены нестандартные основания:
. 1MA - 1-метиладенозин
. 2MG - 2N-метилгуанозин
. 5MC - 5-метилцианозин
. 5MU - 5-метилуридин
. 7MG - 7- метилгуанозин
. H2U - 5,6-дигидроуридин
. M2G - N2-диметилгуанозин
. OMC - оксиметилцитозин
. OMG - оксиметилгуанозин
. PSU - псевдуридин
. YG - вибутозин

2. Была составлена таблица тех контактов нуклеотидов, которые, отвечают
за стабильность L-образной пространственной структуры тРНК (на нижней схеме
эти контакты обозначены зеленым, необходимо отметить, что все эти
взаимодействия неканонические):

|Пары |Номера |
|нуклеотидов |взаимодействующих |
| |оснований |
|G - C |45 - 25 |
|A - U |14 - 8 |
|G - C |15 - 48 |
|G - C |19 - 56 |
|U - A |33 - 36 |


[pic]
3. С помощью алгоритма Зукера была предсказана вторичная структура данной
тРНК (с наименьшей энергией):

[pic]

Обсуждение.

Исходя из данных, полученных во время анализа структуры тРНК, можно
предположить, что L-образная форма транспортной РНК поддерживается за счет
неспирального стэкинга (за счет стэкинга оснований акцепторный стебель и Т-
стебель образуют один домен L-структуры, а D-стебель и антикодонный -
другой [1]).
Интересно отметить, что предсказанная вторичная структура достаточно
сильно совпала со структурой, полученной в ходе этого исследования,
различия можно объяснить тем, что алгоритм Зукера не может предсказать
(учитывать псевдоузлы и не спиральные стэкинг-взаимодействия).

Сопроводительные материал: в файле 1evv.spt содержится скрипт для Rasmol,
позволяющий визуализировать основные элементы структуры тРНК из PDB записи
1evv.

Материалы и методы

3D структура тРНКизвлечена из записи 1умм Protein Data Bank.
Комплиментарность пар определена программой find_pair пакета 3DNA.

Результаты обработаны с помощью mfold и RasMol.

Литература:
1. http://www.pereplet.ru/nauka/Soros/pdf/9811_071.pdf