Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/StudentScience/themes_2006/Naumoff.doc Дата изменения: Wed Dec 7 08:00:42 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:07:58 2007 Кодировка: koi8-r

Молекулярная филогения гликозил-гидролаз и их гомологов (2 студента 2-4
курса).

Данная задача поставлена в рамках осуществления проекта по разработке
иерархической классификации гликозил-гидролаз и их гомологов. На основе
ныне существующей международной двухуровневой (семейство/клан)
классификации, представленной на сайте CAZy, предполагается разработать
многоуровневую (фолд/ суперсемейство/ клан/ семейство/ подсемейство)
классификацию. К настоящему времени нами уже разработаны основные принципы
классификации и исследованы около десяти конкретных семейств.

Каждая студенческая работа будет представлять исследование одного
конкретного семейства гликозил-гидролаз (или нескольких близкородственных).
Целью работы является исследование филогенетических взаимоотношений белков
внутри изучаемого семейства и выявление их эволюционных связей с другими
семействами белков. На основании результатов работы будет уточнено место
исследуемых белков в иерархической классификации гликозил-гидролаз.

Основные этапы и предполагаемые методические подходы для решения задачи:
- анализ литературы по классификации гликозил-гидролаз и освоение базы
данных CAZy (http://afmb.cnrs-mrs.fr/CAZY/index.html);
- поиск новых представителей исследуемого семейства путём скрининга баз
данных аминокислотных и нуклеотидных последовательностей (программы
семейства blast), создание базы данных;
- попарное сравнение аминокислотных последовательностей (анализ результатов
blast): выявление дублей (более 95% идентичности), неполных
последовательностей (фрагменты белков), локальных сдвигов рамки считывания;
предварительное разбиение семейства на подсемейства (более 30%
идентичности);
- множественное выравнивание отобранных последовательностей (программа
BioEdit): определение доменной структуры белков, исправление локальных
сдвигов рамки считывания, выявление возможных компонентов активных центров
гликозил-гидролаз;
- филогенетический анализ с помощью программ из пакета Phylip, визуализация
построенных филогенетических деревьев (программа TreeView): уточнение
разбиения семейства на подсемейства;
- анализ подсемейств: выявление корреляций с таксономическим положением
организмов-хозяев генов и с энзиматическими активностями ферментов;
- поиск отдалённых гомологов для белков анализируемого семейства (программа
PSI-BLAST), определение их принадлежности к ранее известным семействам,
сравнительный анализ белков-гомологов, выявление эволюционных
взаимоотношений;
- уточнение существующей классификации гликозил-гидролаз в отношении
изучаемой группы семейств.

В качестве примеров успешного решения аналогичных задач могут служить
публикации:
1. D.G. Naumoff. GH97 is a new family of glycoside hydrolases, which is
related to the ?-galactosidase superfamily. BMC Genomics. 2005. V.6.
Art.112.
PDF: http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-6-112.pdf
2. Д.Г. Наумов. Филогенетический анализ ?-галактозидаз семейства GH27.
Молекулярная биология. 2004. Т.38. N.3. P.463-476.
PDF: http://bioinform.genetika.ru/members/Naumoff/MB2004E.pdf

Руководитель:
с.н.с., к.б.н. Наумов Даниил Геннадиевич
(http://bioinform.genetika.ru/members/Naumoff/index.htm)
Лаборатория Биоинформатики (http://bioinform.genetika.ru/index.htm)
Государственный Научно-Исследовательский Институт Генетики и Селекции
Промышленных Микроорганизмов (http://www.genetika.ru/)
Электронная почта: daniil_naumoff[a]genetika.ru и
daniil_naumoff[a]yahoo.com
Телефон: 315-02-83