Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/StudentScience/themes_2006/Kalinina_1-3.doc Дата изменения: Tue Nov 22 20:03:11 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:11:50 2007 Кодировка: koi8-r

Темы для курсовых работ студентов факультета биоинженерии и
биоинформатики
Калинина Наталья Олеговна тел. раб. 939-53-66
e-mail: kalinina@belozersky.msu.ru , kalinina@genebee.msu.su
корпус А: ком.627

"Предсказание пространственной структуры РНК-связывающих доменов
транспортных белков вирусов растений"
В геноме вирусов растений обязательно имеется один или несколько генов,
кодирующих специальные белки, которые обеспечивают транспорт вируса по
растению. Транспортные белки вирусов мультифункциональны. Известно, что они
взаимодействуют с нуклеиновой кислотой вируса, другими вирусными и
клеточными белками, некоторые из транспортных белков обладают
ферментативными активностями. До настоящего времени отсутствуют данные о
структурной организации этих белков, хотя для ряда вирусов функциональные
домены транспортных белков хорошо охарактеризованы.
В нашей лаборатории показано, что транспортный белок гордеивируса
полулатентного вируса мятлика (63К белок), формирующий транспортную форму
(рибонуклеопротеид) вирусного генома, состоит из трех доменов. Два домена
выявляют только РНК-связывающую активность, третий домен дополнительно
обладает активностями НТФазы, РНК хеликазы.
Целью работы является построение модели (вторичной и третичной) РНК-
связывающих доменов (домена) 63К белка, и ее экспериментальная проверка с
помощью генно-инженерных, биохимических и физических методов.

"Построение модели пространственной структуры вирусной нерепликативной РНК-
хеликазы"
В геноме вирусов растений обязательно имеется один или несколько генов,
кодирующих специальные белки, которые обеспечивают транспорт вируса по
растению. Транспортные белки вирусов мультифункциональны. Известно, что они
взаимодействуют с нуклеиновой кислотой вируса, другими вирусными и
клеточными белками, некоторые из транспортных белков обладают
ферментативными активностями.
Транспортный белок, кодируемый первым геном тройного блока транспортных
генов, (ТБГр1) потекс- и гордиевирусов обладает активностями РНК-
связывающего белка и НТФазы/РНК хеликазы, принадлежащей к суперсемейству 1
НТФаз/хеликаз. В нашей лаборатории показано, что в составе хеликазного
домена ТБГр1 выявляется субдомен, включающий три консервативных мотива
хеликаз (I, Ia и II, первый и последний, из которых представляют собой
общеизвестные мотивы Уокера), который сохраняет активности АТФазы и РНК-
связывания, характерные для полноразмерного белка. В настоящее время
получены кристаллы и решены структуры некоторых "больших" ДНК-хеликаз
суперсемейства 1. Однако, структуры "малых" РНК-хеликаз не известны.
Цель работы - построение на основе имеющихся структур ДНК-хеликаз модели
пространственной организации вирусной нерепликативной РНК-хеликазы (или ее
минимального АТФазного домена) и ее экспериментальная проверка с помощью
точечных и делеционных мутантов ТБГр1 белков.



"Поиск АТФазного центра белков оболочки потекс- и потивирусов растений"
В настоящее время известно, что функция белков оболочки вирусов не
ограничивается только образованием вирусного капсида. БО принимают участие
в различных процессах в инфицированной клетке, таких как репликация и
транспорт вирусного генома, супрессия сайленсинга, включение механизма
гиперчувствительного ответа (апоптоза) в клетках растений. В нашей
лаборатории показано, что БО потексвируса Х-вируса картофеля и потивируса А-
вируса картофеля обладают НТФазной активностью. Анализ БО не выявил
консервативных последовательностей, характерных для известных НТРаз.
Цель работы - с помощью анализа активностей точечных и делеционных мутантов
in vitro
картировать активный центр БО.