Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_03/sem1.htm
Дата изменения: Mon Sep 27 16:59:33 2004
Дата индексирования: Tue Oct 2 06:16:11 2012
Кодировка: Windows-1251
Биоинформатика 2003: Семестр1
  Биоинформатика
  Семестры Студенты Преподаватели
   



Семестр 1:
Компьютерная грамотность

Семинарские и практические занятия по средам для групп 101 и 102

Каждый студент получает имя гена и создает описание свойств соответствующего белка. Все имена разные.
В процессе создания описания студенты учатся работать с широко известными программами FAR manager, Word, Excel, Internet Explorer, Outlook Express, а также с профессиональными программами - ACD/ChemSketch и RasMol.
В конце студенты изучают язык HTML и оформляют отчет о проделанной работе в виде персонального учебного web-сайта.

Таблица "Имя гена для каждого студента"
учебные материалы "Свойства аминокислот"





Блок 1: Первое знакомство с компьютером и биологическими текстами.
  1. ( 3 сент) (2 час)
    Общие принципы организации компьютера. Outlook Express, I. (АБР)
Преподаватели знакомятся со студентами, студенты - с преподавателями, студенты - с "железом". Студенты пишут первые письма преподавателям.
[задания]
[ключевые слова] [материалы]
 
2. (10 сент) (2 час)
    Файлы и файловая система. FAR manager. Что такое белок с точки зрения биоинформатика? (АБР +ПСН)
Преподаватели раздают студентам имена генов. C помощью FAR manager студенты рассматривают геном Escherichia coli, создают файл с аминокислотной последовательностью своего белка и пишут первый отчет, а затем с помощью Microsoft Word исследуют аминокислотный состав своего белка.
[задания]
[ключевые слова] [материалы]
 
3. (17 сент) (2 час)
    Excel (ввод данных, вычисления, сортировка). Аминокислоты. (АБР +ПСН) Студенты создают таблицы, характеризующие аминокислоты, вычисляют аминокислотный состав белка и его молекулярную массу. [задания] [ключевые слова] [материалы]
 
4. (24 сент) (2 час)
    Outlook Express, II (создание учетной записи).
Excel и FAR manager,зачетное занятие
(АБР +ПСН)
Демонстрируя умение работать с FAR manager, Word и Excel и Outlook Express студенты оформляют отчет о своих исследованиях аминокислотного состава белка и отправляют его по почте.
[ 10 вариантов зачетного задания]
[Что нужно уметь делать с помощью Far manager]

Блок 2
: Визуализация пространственных структур молекул.
  5. ( 1 окт) (2 час)
    Графические редакторы. Редактор ACD/ChemSketch (AВГ)
Студенты рисуют структурные формулы аминокислот, а также некоторых других полезных для дальнейших исследований соединений, а затем рассматривают, как выглядят молекулы.
[задания] [ключевые слова] [материалы] [презентация]
 
6. ( 8 окт) (2 час)
    Аминокислотная последовательность и 3D-структура. RasMol. Word. (АБР +ПСН)
Студенты имеют возможность увидеть молекулы белков, описать их форму и оценить размеры.
[задания] [ключевые слова] [материалы]
 
7. ( 15 окт) (2 час)
    Excel (мастер диаграмм, логические функции). Карта Рамачандрана. (АБР+ПСН)
Студенты строят карты Рамачандрана и исследуют зоны сгущения точек.
[задания] [ключевые слова] [материалы]
 
8. ( 22 окт) (2 час)
    Вторичная структура, водородные связи. RasMol. (АВГ+АБР)
Изучая водородные связи и расположение боковых радикалов с помощью RasMol'а студенты знакомятся с основными элементами вторичной структуры.
[задания] [ключевые слова] [материалы]
 
9. ( 29 окт) (2 час)
    Топология и архитектура белка. Word. RasMol. (АБР+АВГ)
С помощью стандартных средств Word'а студенты пытаются изобразить простую схему сложной пространственной структуры по правилам TOPS cartoons.
[задания] [ключевые слова] [материалы]
 
10. ( 5 ноябр.) (2 час)
    RasMol, определение контактирующих атомов. (АВГ+АБР)
Студентам придется не только определить, какой атом с каким контактирует, но и выдвинуть предположение о химической природе контакта.
[задания] [ключевые слова] [материалы] [презентация]
 
[правила зачета за занятия второго блока] [индивидуальные зачетные задания]

Блок 3
: Интернет. HTML
  11. ( 12 ноябр.) (2 час)
    Интернет (АБР+АВГ)
С помощью разных поисковых систем студенты пытаются узнать, что такое Escherichia coli, и какую роль в ее жизни играют исследованные белки.
[задания] [ключевые слова] [материалы]
 
12. ( 19 ноябр.) (2 час)
    HTML. (АБР+ПСН)
Студенты знакомятся с основами языка HTML и создают страничку с описанием свойств заданной им аминокислоты.
[задания] [ключевые слова] материалы]
 
13. ( 26 ноябр.) (2 час)
    Создание учебного веб-сайта (зачетное задание. (АБР+ПСН)
За время занятия студенты создают макет своего учебного сайта. [зачетное задание] [полное содержание сайта]
 

14. ( 17 декабр.) (2 час)
    Консультация и прием работ (АБР+ПСН)
 
12. ( 24 декабр.) (2 час)
    Зачет и сдача задолженностей (АВГ+АБР)