Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_03/doc/task_9.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:21 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 16:11:47 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 9


Задания

Все результаты записывайте в файле 3D_my_protein.doc

1. Определите количество структурных доменов в Вашем белке. Определите
структурный
класс каждого домена. Укажите число элементов вторичной структуры в
каждом домене.
Имейте в виду, что структура, которую Вы видите в окне программы
RasMol, может соответствовать
комплексу нескольких белков. Вы работаете только с той частью
структуры, которая соответствует Вашей
аминокислотной последовательности!
Если в белке 2 домена, то их принято называть N-концевой и C-
концевой домены.
2. Нарисуйте схему укладки Вашего белка по правилам TOPS cartoons (см.
подсказку).
Рисуем с помощью автофигур редактора Word.
Если структура кажется Вам сложной, попробуйте найти в ней симметрию!
__________________________________
Для тех, кто успел выполнить первые два задания (они зачетные!)

3. Попробуйте дополнить описание укладки Вашего белка.
3.а. Если перед Вами (-спиральный белок или домен, то имеет смысл более
подробно
описать взаимную ориентацию спиралей.
TOPS cartoons сводит все способы взаимной ориентации элементов
вторичной структуры к
параллельной или антипараллельной ориентации, что часто
достаточно для описания (-структур,
но так же часто недостаточно для описания (-спиральных
доменов. Попробуйте изобразить структуру
Вашего (-спирального домена (или его части) с помощью
цилиндров. Углы между цилиндрами оцените
на глаз, укажите N- и C-концы.
3.б. Если перед Вами (-лист, то имеет смысл
1) укажите порядок (-тяжей в каждом (-листе;
каждому (-тяжу присвойте номер, соответствующий его
положению в аминокислотной
последовательности, начиная с N-конца;
затем с N-конца (- листа перечислите номера входящих в
него (-тяжей; например, в примере А
подсказки порядок тяжей в одном (-листе - 9.1.2.3.6, а во
втором -5.4.7.8.
2) нарисуйте (- лист, используя в качестве символа тяжей
стрелочки, указывающие на C-конец;
соедините стрелочки в соответствии с ходом полипептидной
цепи, игнорируя элементы вторичной
структуры между (-тяжами.