Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_02/term_6/block_5/md_task3.doc Дата изменения: Fri May 6 10:35:21 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:24:05 2007 Кодировка: koi8-r

Задание 3
Задача третьего занятия: провести анализ траекторий молекулярной динамики
предложенного белка, как в свободном состоянии, так и в комплексе с
лигандом.. Всё операции вы будете проводить на кластере SCI. Результаты
анализа выдаваемые GROMACS имеют расширение xvg ( программа GRACE), но
формат самих файлов текстовой, так что построение графиков можно делать в
excel. Предлагаю называть результаты анализа согласно общему шаблону:
Tool _ID_complex : для симуляции комплекса
Tool _ID_free : для симуляции белка
Tool- это название программы которой проводили анализ
ID - ID вашего белка
Пример : g_rmsd_1hus_complex
Внимание ! Опции программы анализа вы можете узнать, набрав: имя_программы
-h


1) Зайдите на кластер SCI. Конвертируйте файл траектории комплекса в
файл pdb с множеством моделей. Используйте программу trjconv:

trjconv -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o ${i}_p.pdb -skip 20 -fit
rot+trans

Для подгонки (fit) используйте группу Backbone, для вывода используйте
группу Protein. Скачайте файл ${i}_p.pdb с кластера на kodomo. (ncftp
-u myname kodomo.cmm.msu.ru). Просмотрите движения белка, загрузив
полученный файл в PyMOL, и запустите анимацию, набрав в командной
строке mplay.

2) Для двух траекторий постройте изменение среднеквадратичного отклонения
структуры, от времени используя программу g_rmsd. Для подгонки
используйте группу Protein.
g_rmsd -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o g_rmsd_${i}_????
3) Для двух траекторий постройте график флуктуации отклонения атомов
белка используя программу g_rmsf. Для подгонки используйте группу
Protein.
. g_rmsf -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o g_rmsd_${i}_????
4) Определите изменение количества водородных связей от времени между
белком и лигандом.
. g_hbond -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o g_hbond_${i}_????
5) Определите изменение поверхности белка и комплекса в траектории.
Обратите внимание на гидрофобную и гидрофильную состовляющие.
g_sas -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o g_sas_${i}_????
6) Рассчитайте изменение потенциальной энергии и температуры систем
g_energy -f ener.edr -o g_energy_${i}_????

7) * (необязательно) Постройте карту dssp белка и комплекса от времени.
do_dssp -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o do_dssp_${i}_???? -dt 50
xpm2ps -f do_dssp_${i}_???? -o do_dssp_${i}_????
8) Постройте карту Рамачандрана для белка и комплекса.
g_rama -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o g_rama_${i}_????

Возможно, что Вам понадобятся дополнительные инструменты для анализа
полный список Вы сможете найти здесь :
http://www.gromacs.org/documentation/reference_3.2/online.html
Обработайте результаты и оформите их в виде мини статьи о молекулярных
движениях вашего белка.




Подсказки.


Рекомендуемый синтаксис запуска программ в пунктах задания.
Используя этот синтаксис Вы можете заменить ${i} на ID вашего белка или
присвоить значение переменной i используя команду : export i="mi_ID", где
my_ID это ID вашего белка.
п.5 Удобно добавить содержимое одного файла в конец другого с помощью
cat.
cat sugar.gro >> ${i}.gro
п.6 Отредактируйте файл ${i}.top (vi или mcedit). Пример:
было стало
|; Include water topology |; Include water topology |
|#include "spc.itp" |#include "spc.itp" |
|. |#include "sugar.itp" |
|. |. |
|[ molecules ] |. |
|; Compound #mols |[ molecules ] |
|Protein_A 1 |; Compound #mols |
| |Protein_A 1 |
| |XYP 1 |