Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_02/term_6/block_5/md_task2.doc Дата изменения: Thu Apr 28 16:18:22 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:24:02 2007 Кодировка: koi8-r

Задание 2
Задача второго занятия: провести симуляцию молекулярной динамики
предложенного белка, в комплексе с лигандом используя программный пакет
Gromacs. Всё подготовительные операции вы будете проводить на сервере
kodomo-count.cmm.msu.su


1) Зайдите на кластер SCI. Конвертируйте файл траектории в файл pdb с
множеством моделей. Используйте программу trjconv:

trjconv -f ${i}_md.trr -s ${i}_md.tpr -o ${i}_p.pdb -skip 20 -fit
rot+trans

Для подгонки (fit) используйте группу Backbone, для вывода используйте
группу Protein. Скачайте файл ${i}_p.pdb с кластера на kodomo. (ncftp
-u myname kodomo.cmm.msu.ru). Просмотрите движения белка, загрузив
полученный файл в PyMOL, и запустите анимацию, набрав в командной
строке mplay.


2) Используя любой текстовый редактор создайте pdb файл содержащий записи
HETATM для выбранного лиганда.
3) Используя сервер PRODRG2 Server
(http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/ ) создайте файл
топологии (sugar.itp) и файл координат (sugar.gro) лиганда вашего
белка используя полученный в пункте 2. pdb файл.
4) Используя программу pdb2gmx получите файл топологии (*top) и файл
координат (*gro) вашего белка используя полученный в пункте 2. первого
занятия pdb файл.
5) Добавьте в конец вашего белка содержимое gro файла вашего лиганда.
Удалите запись о размерах ячейки. Измените значение количества атомов
в начале gro файла , т.е. добавьте к имеющейся цифре количество атомов
в лиганде. Итак, вы получили объединенный gro файл.
6) Под с записью #include "spc.itp" добавьте в top файл запись:
#include "sugar.itp". Добавьте информацию о лиганде в секцию [
molecules ].
7) С полученными файлами координат и топологии проведите все те же
операции, что и в задании 1, начиная с пункта 4.



Подсказки.


Рекомендуемый синтаксис запуска программ в пунктах задания.
Используя этот синтаксис Вы можете заменить ${i} на ID вашего белка или
присвоить значение переменной i используя команду : export i="mi_ID", где
my_ID это ID вашего белка.
п.5 Удобно добавить содержимое одного файла в конец другого с помощью
cat.
cat sugar.gro >> ${i}.gro
п.6 Отредактируйте файл ${i}.top (vi или mcedit). Пример:
было стало
|; Include water topology |; Include water topology |
|#include "spc.itp" |#include "spc.itp" |
|. |#include "sugar.itp" |
|. |. |
|[ molecules ] |. |
|; Compound #mols |[ molecules ] |
|Protein_A 1 |; Compound #mols |
| |Protein_A 1 |
| |XYP 1 |