Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_02/term_6/block_4/Pr_surface.doc Дата изменения: Fri Apr 1 11:08:59 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:25:05 2007 Кодировка: koi8-r

Поверхность, площадь контакта, гидрофобое ядро.

Задания

1. В PDB файле 1ENH содержится структура трехспирального ДНК-связывающего
белка (без ДНК). С помощью SwissPDBViewer'а постройте поверхность
белка, раскрасьте по электростатическому потенциалу и предположите
какой из спиралей этот белок связывается с ДНК. Используйте то, что
поверхность ДНК несет заряд.
2. С помощью SwissPDBViewer'а визуализируйте поверхность миоглобина
свиньи (1MNO) и найдите полости в белке. Пользуясь сервисом castP,
найдите какие остатки окружают эти полости (хотя бы одну). Сохраните в
протоколе картинку, показывающую эту полость.
3. Пользуясь сервисом "Protein-Protein interaction server" заполните
таблицу, характеризующую контакты пар белковых цепей из комплекса
дрожжевых белков 1mnm, состоящего из двух субъединиц белка Mat_alpha2
и двух субъединиц белка MCM1, связанных с ДНК. Подобный регуляторный
комплекс образуется in vitro, однако положение одной из белковых
субъединиц предположительно, не отвечает положению in vivo. Какой?
Приведите аргументы.


Таблица контактов субъединиц белка.
|Пара цепей|A-B |... | | | | |
|ASA |(Для A) | | | | | |
|на | | | | | | |
|интерфейсе|(Для B) | | | | | |
|Число | | | | | | |
|водородных| | | | | | |
| | | | | | | |
|связей | | | | | | |
|Солевых | | | | | | |
|мостиков | | | | | | |
|S-S | | | | | | |
|мостиков | | | | | | |
|Водяных | | | | | | |
|мостиков | | | | | | |
| | | | | | | |
| | | | | | | |
| | | | | | | |
| | | | | | | |

4. Найти гидрофобные ядра в структуре фибриногена курицы (1m1j, цепи
A,B,C). Какова роль гидрофобного эффекта в образовании этого
олигомера?

5. (*) Структура РНК-зависимой РНК-полимеразы полиовируса расшифрована
(см., например, PDB файл 1RA6). На основании контакта субъединиц из
соседних кристаллографических ячеек было высказано предположение об
олигомеризации этих полимераз in vivo - образовании протяженных сетей
молекул на клеточной мембране. При этом считается, что полимеразы
контактируют in vivo так же, как в кристалле. Проанализируйте
поверхность контакта двух субъединиц. Насколько убедительно, на ваш
взгляд, предположение обосновано структурной информацией?



CastP
http://cast.engr.uic.edu/cast/

Protein-Protein interaction server
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/PP/server/index.html


Hydrophobic clusters detector
http://monkey.belozersky.msu.ru/~mlt/HF_page.html

===============
GetArea
http://www.scsb.utmb.edu/cgi-bin/get_a_form.tcl

StrucTool
http://molbio.info.nih.gov/structbio/basic.html



Методические указания


1. Откройте файл с помощью SwissPDBviewer'а.

- В меню Preferences => Surface выберите нужную раскраску, Quality можно
поставить самое низкое ( 1 ), Real time appearance можно отключить - это о
том, показывать ли поверхность во время вращения.

- Tools => Compute Molecular Surface

- В Control panel колонка, отмеченная как "::", управляет тем, чтобы
показывать поверхность только выделенных остатков; стрелочка под ней - для
выбора: показывать ли vdW или молекулярную поверхность.

- Для большей контрастности цветов, различающих плотность заряда:
Preferences => Surface и там сделайте, например, Blue = +12, Red = -12,
White = 0


2. Постройте поверхность. Затем в меню Windows => Cavities. Появится окно,
в котором перечислены внутренние полости. Галочками можно регулировать
показывать - не показывать полость или всю поверхность.

Для поиска остатков, окружающих полость, зайдите на сайт castP (можно
по ссылке со страницы данной структуры в PDB). Chime Plugin позволит
возуализировать все карманы найденные карманы. Закажите также получение
информации по e-mail. Для управления изображением - щелчек правой кнопкой
мыши - появляется меню a la Rasmol. Определите, какой карман отвечает
найденным полостям и используйте информацию об остатках для создания
изображения.

3. На сайте через Browse укажите файл из своего компьютера, имена двух
цепей, отметьте "Both chains" и свой адрес - сообщение о результате придет
вскоре по этому адресу. Если есть вопросы - прочитайте документацию,
объясняющую параметры. Разглядывание структуры в Rasmol или Spdbv поможет
определить "подозрительную" субъединицу. Можно вспомнить и про контакты с
соседними ячейками (практикум 1) для интерпретации структуры.

4. На странице сервиса укажите код и цепочки (A,B,C). После появления
результата можно а) скачать файлы с результатом; b) визуализировать
найденные кластеры с помощью Chime. Для начала выберите второе, подождите
пока все нарисуется (структура довольно большая!) и посмотрите на
результат. Команды Chime - точно такие, как Rasmol'овские; их можно
писать в окне. Слова core1, core2 и т.п. определены.