Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_02/science_1/otzyvy/onNilov.doc Дата изменения: Wed Nov 12 18:27:18 2003 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:24:29 2007 Кодировка: koi8-r

Рецензия тьютора, к.х.н., м.н.с. НИИ физикохимической биологии им. А.Н.
Белозерского Чилова Г.Г. на самостоятельную научную работу студента 2-го
курса факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ Нилова Дмитрия по теме
"Реконструкция трехмерной структуры пенициллинамидазы из Providencia
Rettgeri"

Работа Нилова Д. посвящена использованию методов структурного выравнивания
и структурного моделирования для построения трехмерной структуры фермента,
пенициллинамидазы (ПА, КФ 3.5.1.11) из относительно мало изученного
источника Providencia Rettgeri. Актуальность задачи продиктована
исключительной роли пенициллинамидазы в промышленной химии ?-лактамных
антибиотиков, основных представителей антиинфекционных препаратов. На
сегодняшний день запущено лишь несколько пилотных заводов, производящих
такие препараты как ампициллин, амоксициллин и цефалексин с помощью
ферментативных реакций. Вместе с тем существует острая потребность в
улучшении свойств биокатализатора, фермента, по ряду параметров, которое
позволило бы поднять эффективность процесса а также расширить спектр
производимых препаратов. В свою очередь, это подталкивает привлечение новых
методов к прогнозированию свойств фермента а также их рациональному in
silico дизайну. Воссоздание трехмерной структуры фермента, исходя из его
аминокислотной последовательности, представляет собой первый шаг на пути к
глубокому пониманию природы молекулярной специфичности фермента.
В ходе выполнения самостоятельной работы Ниловым Д. освоен ряд классических
методик биоинформатики: поиск белковых и ДНК-последовательностей по базам
данных, поиск трехмерных белковых структур, парное и множественное выравние
последовательностей, структурное выравнивание. Освоен ряд программ, так или
иначе соприкасающихся с молекулярным моделированием: Swiss PDB Viewer, VMD,
а также различных сервисов, расположенных на сайтах Европейского института
биоинформатики и НИИ ФХБ им. Белозерского. Ниловым Д. проведен анализ
литературы по изучаемому вопросу, в ходе которого был освоен поиск научной
информации в сети Internet, освоена работа с материалами таких бибиблиотек,
как библиотека естественных наук РАН, а также ее филиала при институте
биоорганической химии РАН.
Получены важные результаты относительно моделирования терхмерной структуры
фермента. В частности, для моделирования был выбран объект (ПА из
Providencia Rettgeri), трехмерная структура которго была недавно разрешена,
что позоляло независимо проверить адекватность теоритечких методов.
Показано что для пенициллинацилаз, имеющих степень гомологии порядка 75%
(что характерно для ПА из различных микроорганизмов) реконструкция
трехмерной структуры с помощью современных алгоритмов дает результат,
совпадающий с данными рентгеноструктурного анализа (в пределах
экспериментальной ошибки). В свою очередь, это дает основание считать, что
трехмерная структура такого важного для фармацевтической промышленности
фермента, как пенициллинацилаза, может быть успешно смоделирована
современными средствами, что послужит отправной точкой для более детальных
исследований субстратной специфичности методами молекулярной и квантовой
механики.
В ходе выполнения работы Ниловым Д. проявлена незаурядная химическая
интуиция, позволившая на основании анализа данных по имеющимся трехмерным
структурам выбрать одну в качестве стартовой точки для моделирования.
Продемострировано большое трудолюбие, аккуратность и вдумчивость при
выполнении и написании своего первого самостоятельного научного
исследования.
Считаю, что представленная Дмитрием Ниловым работа заслуживает оценки
"отлично".


к.х.н, м.н.с. НИИ ФХБ им А.Н.Белозерского Чилов Г.Г.
10 ноября 2003 г.