Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_02/science_1/diplom_2006/Mironov_2.doc Дата изменения: Mon Dec 12 17:05:40 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:28:36 2007 Кодировка: koi8-r

Кластеры регуляторных сайтов в геномах

Руководитель проф. А.А.Миронов


Сайты связывания факторов транскрипции в эукаритоах, как правило,
образуют кластеры. Для поиска таких кластеров есть эффективный алгоритм
CluSite. Предварительное испытание алгоритма показало, что
- Есть предпочтительные расстояния между сайтами
- В комбинированных регуляторных модулях есть предпочтительное соседство
между сайтами разных типов.
Предполагается использовать модифицировать CluSite для того, чтобы
алгоритм учитывал статистику расстояний между сайтами и предпочтительность
сочетаний сайтов в кластерах.
Этапы работы:
1. Подготовка выборок ортологичных генов у человека, мыши, может быть
других млекопитающих.
2. Применение программы к регуляторным областям генов с использованием
известных матриц.
3. Разработка меры сходства регуляторных областей, учитывающей
совместное появление кластеров сайтов у ортологов.
4. Отбор регуляторных кластеров с использованием межвидовой
консервативности
5. Сбор статистики частот встречаемости расстояний между сайтами и
предпочтительности совместного проживания.
6. Модификация (или разработка заново) алгоритма поиска кластеров
сайтов, учитывающего полученные закономерности
7. Подготовка статьи.

Работа будет выполняться в коллективе - есть несколько параллельных
курсовых и дипломных проектов. Для выполнения этой работы необходимо
хорошее владение статистикой и вероятностью, алгоритмикой,
программированием.