Занятие 2: задания

Соединитесь с сервером kodomo, используя свое пользовательское имя и пароль.

Откройте FAR manager, подберите удобные для вас настройки Windows.

Перетащите мышкой иконку FAR на рабочий стол и откройте FAR, щелкнув по этой иконке.
Подберите удобный вам размер окна и удобный тип шрифта. Для этого переместите курсор на верхнюю - синюю - полоску окна FAR, щелкните правой кнопкой мыши.В появившемся меню выберите "Properties" =>" Layout" - для изменения размера окна (следите, чтобы " Window Size" был равен "Buffer size", иначе будет неудобно работать); "Font" - для изменения шрифта.

После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

Подберите удобные настройки FAR manager.

Выберите способ отображения информации о файлах, для этого можно использовать сочетания левой клавиши <Ctrl> с любой цифрой, а можно вызвать главное меню (<F9>) и оттуда изменить настройки панели.
Настройте левую панель на диск Р, директория y09\Term1\Practices\Practice2, а правую - на диск H.
Сохраните настройки FAR. Для этого в главном меню FAR выберите "Options" => "Save setup".

С помощью команд FAR manager создайте следующее дерево директорий для практикумов и зачетных задание на (сетевом) диске H:




Создайте файл с описанием заданного вам белка

Найдите в директории P:\y_09\Term1\Practices\Practice2 файл с описанием полного генома сенной палочки, Bacillus subtilis, и скопируйте его в директорию Practice2 на диске Н:.
Откройте его для редактирования (<F4>), пролистайте. С помощью редактора FAR определите, сколько всего строк в файле, сколько из них содержат собственно нуклеотидную последовательность генома.
Найдите заданный белок (<F7>), поиск лучше всего вести по имени гена. Начало информации о гене и белке начинается со строки со словом CDS (от "CoDing Sequence").
Создайте в рабочей директории новый файл с именем my_protein.txt, скопируйте в него найденное описание белка. Сохраните файл my_protein.txt.
Подсказки см. в инструкции по FAR..

Создайте файл с аминокислотной последовательностью заданного вам белка в стандартном формате FASTA.

Создайте копию файла my_protein.txt с именем my_protein.fasta.
Откройте новый файл и отредактируйте его, пример последовательности в нужном формате:


 >sp|P25144|CCPA_BACSU Catabolite control protein A 
MSNITIYDVAREANVSMATVSRVVNGNPNVKPTTRKKVLEAIERLGYRPNAVARGLASKK
TTTVGVIIPDISSIFYSELARGIEDIATMYKYNIILSNSDQNMEKELHLLNTMLGKQVDG
IVFMGGNITDEHVAEFKRSPVPIVLAASVEEQEETPSVAIDYEQAIYDAVKLLVDKGHTD
IAFVSGPMAEPINRSKKLQGYKRALEEANLPFNEQFVAEGDYTYDSGLEALQHLMSLDKK
PTAILSATDEMALGIIHAAQDQGLSIPEDLDIIGFDNTRLSLMVRPQLSTVVQPTYDIGA
VAMRLLTKLMNKEPVEEHIVELPHRIELRKSTKS

Сохраните новый файл.
Удалите файл с геномом из вашей рабочей директории.

Определите hex-коды 4-х символов в 3-х разных кодировках.

Заданные символы : русская буква "с", английская "с", символы пробела и конца строки.
Создайте в рабочей директории новый файл с именем all_coding.txt.
Установите кодировку WIN (<F7>).
Скопируйте в него следующий текст.

часть cell
семь сын

Запишите тип кодировки ( в данном случае, Win), определите hex-коды (<F4>) заданных символов и запишите их в файл.
Измените кодировку и повторите то же самое.
Если вы в точности следовали инструкции, то получили файл, не читаемый полностью ни в одной из кодировок. Создайте копии этого файла в кодировке DOS (dos.txt) и Windows (win.txt).

Создайте файл aanames.txt, в котором наберите таблицу названий и обозначений аминокислот в виде 4-х столбцов: однобуквенное обозначение; трехбуквенное обозначение; русское (в Win-кодировке!) название; английское название. Используйте клавишу <Tab> для разделения обозначений в строках.



Сравните свойства двух файлов.

Скопируйте в рабочую директорию файлы b1.txt и b2.txt (P:\y_09\Term1\Practice2).
Найдите не менее 2-х отличий между файлами (разные имена не в счет!). Результаты сравнения опишите в файле comp.txt.