| |
|
- К упражнению 1
Используйте следующие команды:
structure
color structure
В командном окне RasMol появится некоторое описание элементов вторичной структуры, но,
будьте внимательны, это описание полной структуры, а вам нужно только для одной цепи.
При выборе типа белка посмотрите презентацию.
- К упражнению 2: как выбирать элементы для работы
Выберите в структуре
- самую длинную спираль (желательно из 3-х и более витков),
- самую длинную пару соседних антипараллельных бета-тяжей (желательно из 5-ти и более остатков),
- самую длинную пару соседних параллельных бета-тяжей (> 5 остатков),
- петлю, в которой полипептидная цепь круто разворачивается на 180°.
Координаты выбранных элементов (т.е. номера первого и последнего остатка в элементе)
занесите в протокол.
Если сомневаетесь в своем выборе, спрашивайте преподавателей!
Внимание!
Если в структуре Вашего белка нет какого-либо из нужных элементов, используйте следующие структуры:
1gzx.ent (спирали) или 1bs2.ent (бета-тяжи). Файлы лежат в директории P:\y09\Term1\Practice13\Add_3D.
Если Вы использовали эти структуры, а в Вашем белке есть подходящие, это будет засчитано за ошибку. Если Вы сомневаетесь в своем выборе, спрашивайте преподавателей!
*Может оказаться поучительным исследовать сразу 3 соседних бета-тяжа в одном бета-листе.
- К упражнению 2: как определить множество атомов
Чтобы "определить" множество (то есть дать ему название),
надо выполнить команду define:
define name set
где вместо name надо подставить какое-нибудь слово, не входящее в список
предопределенных множеств, а вместо set - какое-нибудь выражение,
задающее множество. Например, команда
define myset 17-41:A
присваивает множеству всех атомов остатков с 17 по 41 цепи A имя "myset".
Если после выполнения такой команды выполнить команду:
select myset
то выделенным станет это множество, а, например, последовательность команд:
restrict myset and oxygen
cpk 300
color green
оставит в графическом окне только атомы кислорода из данных остатков в
виде больших зеленых шариков. Кстати,
нужные Вам химические элементы именуются oxygen, nitrogen,
carbon, sulphur; атомы основной цепи - backbone.
Если команды define записаны в скрипт, то правильно вставить в тот же
скрипт также и описания определяемых множеств после команды echo,
чтобы, запустив скрипт, можно было увидеть в командном окне новые
названия для множеств.
- К упражнению 3-5: как показать и как описать водородные связи
Сначала задайте команду hbond. Программа определит все водородные связи в
в остове полной структуры. Затем используйте команду hbonds, попробуйте:
hbonds
hbonds 10
hbonds off
Визуально определите наиболее часто встречающиеся Н-связи, запишите их в протокол в
виде Н(i,j), где i - номер остатка, которому принадлежит атом кислорода, j- номер остатка,
которому принадлежит атом азота. Если Вы заметили, как связаны i и j, можете написать
обобщенный паттерн (и дальше ничего не выписывать).
*При описании дополнительных Н-связей обратите внимание на С-конец спирали.
Если вы решили рискнуть и определить паттерн водородных связей в бета-структуре, то советуем
сначала создать схему, в которой пронумеровать остатки обоих бета-тяжей, начиная с их N-концов. При этом нумерацию
первого тяжа запишите в виде: i, i+1, i+2.... А второго в виде - k, k+1, k+2,...:.
Расположите номера остатков друг под другом в соответствии с типом бета-структуры.
Вариант 1
Тяж 1 : i, i+1, i+2,....
Тяж2 : k, k+1, k+2,....
Вариант 2
Тяж 1 : i, i+1, i+2....
Тяж2 : ....... k+2, k+1, k
Вспомните, как записывают Н-связи. Разглядывая Н-связи на картинках, созданных в упр.3.,
соедините ?? а.о. на схеме стрелочками от атома кислорода к атому азота. Получив схему,
можно подумать, каков будет обобщенный паттерн.
- К дополнительным упражнениям
Постройте остовную модель выбранной спирали с раскраской по остаткам, подпишите ?? остатков.
Рассмотрите спираль с торца, повернув ее к себе N-концом. Посчитайте среднее число
аминокислотных остатков на виток (параметр n спирали). Определите, в какую сторону
закручена спираль, если в правую, то перед n поставьте "+", если в левую, - "-".
Определите пару атомов СА , находящихся друг под другом, выпишите их номера.
Поверните спираль, измерьте расстояние между выбранными атомами (Settings=>Pick Distance,
щелчок по первому атому, щелчок по второму). Запишите ?? остатков и измеренное расстояние
в протокол и т.д. Вычислите смещение по оси на один остаток (параметр d спирали).
Имеет смысл сделать несколько измерений.
Оценить радиус так же просто нельзя, надо подумать. Допускается оценка радиуса "сверху", т.е. r < ??A.
|