Подсказки к занятие 11

Работа с RasMol.

Рекомендуем вывести на свой рабочий стол (Desktop) иконку программы RasMol. Для этого
• найдите в своем компьютере исполняемый файл raswin.exe: Start => Search => Files and Folders => в окне "file name" пишете слово "raswin" и нажмите Search; через какое-то время в основном окне появляется ряд находок, вам нужна та, что помечена "Application";
• создайте иконку: щелкните по имени исполняемого файла правой кнопкой мыши и в выпавшем меню выберите "Create Shortcut" (на вопрос, создать ли иконку на рабочем столе, ответьте утвердительно).

Удобно расположить графическое и командное окна так, чтобы содержимое (или хотя бы значительная часть содержимого) обоих было видно одновременно.
Чтобы набирать команду в командном окне, необходимо сделать его активным (щелкнув мышью по нему или по его "изображению" на панели задач ). Набранная команда выполняется после нажатия клавиши <Enter>.

Описание документа PDB, компоненты структуры.

Для заполнения шаблона используйте следующие поля документа PDB:

HEADER содержит заголовок структуры

TITLE содержит название структуры (если оно занимает несколько строк, то строки, начиная со второй, помечены числами 2, 3, ...)

COMPND содержит информацию о цепях макромолекул (белков и нуклеиновых кислот): после слова CHAIN следует перечисление идентификаторов цепей.

SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном виде число остатков).

HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей. В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы, идентификатор цепи, к которой (условно) приписана молекула, (условный) номер в этой цепи, число атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого типа имеющихся молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно, названия и химической формулы. Названия (всей структуры и отдельных молекул) приведите по-английски (скопируйте из PDB-файла), кроме того, желательно привести также их русские эквиваленты, если Вы можете их перевести.

Создание скрипта.

Скрипт (синоним - сценарий) - это текстовый файл, который программа понимает как набор последовательных команд. Для создания скриптов надо использовать редактор FAR Manager. В файле proba.spt наберите следующие команды.

restrict none
pause
select all
wireframe
pause
select protein
wireframe off
pause
backbone
echo Enjoy the picture!

Откройте вашу структуру в RasMol и запустите скрипт (см. презентацию). Шаг за шагом проследите, что делает скрипт.


Комментарии

Команда restrict none удаляет всякое изображение из графического окна.
Команда select all делает выделенным множеством всю структуру - дальнейшие команды визуализации будут применяться ко всей структуре.
Команда wireframe выводит в графическое окно изображение выделенного множества (в данном случае - всей структуры) в проволочной модели.
Команда pause приводит к приостановке работы сценария: программа ждет нажатия клавиши <Enter>.
Команда select protein делает выделенным множеством весь белок - дальнейшие команды визуализации будут применяться к белку, но не к ДНК, воде или лигандам.
Команда wireframe off удаляет из графического окна изображение выделенного множества (в данном случае - белка) в проволочной модели.
Команда backbone выводит изображение выделенного множества в остовной модели.
Наконец, команда echo выводит в командное окно текст, который следует за ней (в данном случае это призыв "Enjoy the picture!"

Как включить и выключить изображение в шариковой, остовной и ленточной моделях см. в презентации.

При создании основного скрипта сначала выполняйте команды непосредственно из командного окна; убедившись, что они дают нужный эффект, строчка за строчкой заносите их в скрипт.
Постоянно следите за тем, какое именно множество является выделенным в данный момент!


Некоторые советы для получения нужного изображения.

Подписать название и номер остатка (например, аргинина номер 57 из цепи B) можно последовательностью команд:
select Arg57:B.CA
label %n%r
(в данном случае подпись будет расположена возле изображения С_α-атома).
Как создавать подписи иного вида, смотрите в RasMol Help (в меню графического окна выберите Help =>User manual => Command Reference =>label или Справка=>Руководство пользователя => Command Reference =>label).

Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон белым.