Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_09/term4_2009.html
Дата изменения: Wed Jan 2 09:44:35 2002
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:24:25 2012
Кодировка: Windows-1251
Биоинформатика 2009

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Cеместры Студенты Преподаватели
 
 
На главную страницу
 
  2008
  2007
  2006
  2005
2004
2003
2002

Cеместр IV. Семейства белков и эволюция

Объекты, с которыми надлежит ознакомиться:
филогенетические деревья, онтологии, банки данных InterPro, GO, KEGG.

Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить:
реконтрукция филогении последовательностей; предсказание трансмембранных сегментов; работа с имеющимся множественным выравниванием (GeneDoc), создание паттернов и профилей.

Блок 1: филогенетические деревья

1.

Что такое филогенетическое дерево (лекция)
8 февраля 2011, С.А.Спирин
[презентация] [задания]

2.

Филогенетические деревья (продолжение)
15 февраля 2011, С.А.Спирин
[презентация] [задания]

3.

Алгоритмы реконтрукции филогении
22 февраля 2011, С.А.Спирин
[презентация] [задания]

4.

Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.
1 марта 2011, М.С.Кривозубов, С.А.Спирин
[задания]

5.

Зачем биологи строят деревья? (лекция)
15 марта 2011, М.Д. Логачева
[презентация]

Блок 2: функции белков

6.

Эволюционные домены. Pfam

22 марта 2011, А.В.Алексеевский
[презентация] [задания] [домены] [swisspfam_to_xls] [filter_alignment] [коды видов в Uniprot ID]

7.

Gene Ontology

29 марта 2011, А.В.Алексеевский, Б.Бурков
[презентация] [задания]

8.

EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути)

5 апреля 2011, Б.Бурков, А.В.Алексеевский
[материалы для миниКР] [презентация] [tutorial по BRENDA] [задания] [задания чуть поживее]

9.

Трансмембранные белки

12 апреля 2011, С.Виноградова, А.В.Алексеевский
[материалы для миниКР] [презентация] [задания] [указания] [скрипт generate_markup]

Блок 3: исследование белкового семейства

10.

Создание паттерна по выравниванию семейства белков.
19 апреля 2011, С.А.Спирин
[задания] [подсказки]

11.

Простейший профиль: частотная матрица.
26 апреля 2011, С.А.Спирин
[задания]

12.

Пакет Pftools.
3 мая 2011, С.А.Спирин
[задания]

13.

Доделки
10 мая 2011, Е.Аксянов
[дополнение к заданию 4]

 

Объявление
Зачет по биоинформатике для II курса будет проходить в пятницу 20 мая в компьютерном классе 208, начиная с 14:30.