Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_09/perl/DBSchema.pdf Дата изменения: Mon Apr 11 11:11:35 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 17:13:02 2012 Кодировка:

student2_db mysql -h db.bioinf.fbb.msu.ru -u student student2_db genome
genome_id: INTEGER ncbi_taxon_id: INTEGER name: VARCHAR(255) short_name: VARCHAR(255) strain: VARCHAR(40)

taxon
taxon_id: INTEGER taxon_name: VARCHAR(255) parent_id: INTEGER gnm_count: INTEGER gb_hidden tinyint

chromosome
chr_id: INTEGER genome_id: INTEGER name: VARCHAR(255) is_plasmid: TINYINT is_organelle: TINYINT

gene_clust_elem
clust_id: INTEGER clust_type_id: INTEGER cds_id: INTEGER gene_id: INTEGER genome_id: INTEGER cds_start: INTEGER cds_stop: INTEGER ref: VARCHAR

gene_clust
clust_id: INTEGER parent_clust_id: INT tax_id: INT clust_type_id: INT clust_name: VARCHAR clust_descr: TEXT clust_size: INT alignment: TEXT

contig
contig_id: INTEGER chr_id: INTEGER genome_id: INTEGER name: VARCHAR(255) descr: TEXT c_index: INTEGER length: INTEGER

contig_seq
contig_id: INTEGER genome_id: INTEGER sequence: LONGTEXT

rna_type
rna_type_id: INTEGER rna_type_name: VARCHAR(10)

gene
gene_id: INTEGER contig_id: INTEGER chr_id: INTEGER genome_id: INTEGER name: VARCHAR(255) descr: TEXT start: INTEGER stop: INTEGER strand:TINYINT ncbi_gene_id: INTEGER is_alter: TINYINT

rna cds
cds_id: INTEGER gene_id: INTEGER contig_id: INTEGER genome_id: INTEGER protein_id: VARCHAR(255) descr: TEXT protseq: TEXT mrna_id: TINYINT gi: VARCHAR(15) rna_id: INTEGER rna_type_id: INTEGER gene_id: INTEGER contig_id: INTEGER genome_id: INTEGER descr: TEXT start: INTEGER stop: INTEGER name: VARCHAR

gene_ref
gene_id: INTEGER genome_id: INTEGER ref_type_id: INTEGER ref: VARCHAR(255) is_unique: TINYINT

cds_ref
cds_id: INTEGER genome_id: INTEGER ref_type_id: INTEGER ref: VARCHAR(255) is_unique: TINYINT

rna_ref
rna_id: INTEGER genome_id: INTEGER ref_type_id: INTEGER ref: VARCHAR(255) is_unique: TINYINT

ref_type
ref_type_id: INTEGER ref_type_name: VARCHAR(255)