Подсказки к занятию 9 "Построение множественного выравнивания"

1. Как быстро создать нужную выборку гомологов?

   На страничке выдачи программы blastP после слова Alignments есть ряд полезных кнопок, которые имеет смысл здесь использовать.
   Сначала выберите находки с подходящим % совпадения, поставив галочки в окошки около имен последовательностей.
   Затем щелкните по кнопке <Distance tree for results> после слова Alignments, откроется окошко с филогенетическим деревом выбранных последовательностей. Если увидите слишком близко расположенные последовательности, оставьте только одну из них (вернитесь на страничку выдачи и снимите выделение). Выберите вместо отбракованной другую находку и проверьте ее так же.
   
   После того, как выбор гомологов завершен, нажмите кнопку <Get selected sequences>. На открывшей страничке в меню Display выберите FASTA, а в меню Send to — File. Не забудьте про последовательность Вашего белка!

2. Как построить множественное выравнивание?

   Установите соединение с сервером kodomo-count с помощью putty.
   Запустите программу emma. Она работает в интерактивном режиме, т.е. сама спросит, что ей нужно.
   Подсказки к ней, впрочем, можно получить с помощью команды emma -help .
   Запустите программу muscle без каких-либо параметров. На экране появится подсказка, в ней найдите, как задать входной и выходной файл. Остальные параметры оставьте по умолчанию.

3. Как добиться нужной раскраски выравнивания в Genedoc ?

   В меню Project выберите кнопку "Configure".
   В открывшемся меню выберите подменю Shade.
   Уберите галочку около кнопки "Similarity Groups Enabled".
   Выберите раскраску 3-его уровня.
   В подподменю Conserved percent укажите нужные значения идентичности, а в меню ниже выберите требуемые цвета.
   Нажмите кнопку "OK".

4. Как получить матрицу попарной идентичности с помощью программы Genedoc?

   В меню Reports выберите кнопку "Configure reports".
   На левой панели открывшегося меню оставьте галочки только возле пунктов Exact Matches, Percent Values, Output as Matrix, Labels Top and Left sides, Labels in single line.
   Вернитесь в меню Reports, выберите кнопку "Statistics report", откроется матрица попарных совпадений. В том же меню выберите кнопку "Save Report File".

5. Сравнение полученных выравниваний с помощью программы Genedoc

   Как задать группы последовательностей?
   В меню Groups выберите кнопку "Edit Sequence Group". Откроется следующее меню
   Нажмите кнопку "New Group", задайте имя и цвет группы, здесь лучше выбрать розовый и зеленый.
   Затем в окошке с названиями последовательностей выберите последовательности одного из выравниваний и щелкните по кнопке "Add".
   Повторите то же для второго выравнивания.
   Нажмите кнопку "OK".
   Для того, чтобы получить независимое раскрашивание столбцов в разных группах, в меню Groups выберите кнопку "Shade Group Configuration". Попробуйте и другие способы раскраски групп, они бывают весьма поучительны.
   
   Как сохранить раскрашенное выравнивание в формате HTML?
   Нажмите <Ctrl+E> и, щелкнув мышкой, выделите нужные блоки выравнивания.
   Затем в меню Edit выберите кнопку "Copy Selected Blocks to"=>HTML file.