|
Cеместр 3: Нуклеиновые
кислоты
Результаты третьего семестра, итоговые рейтинги
|
| Блок 1. Структура
нуклеиновых кислот |
| |
1.
(6 сентября 2005) |
| |
|
Химическая структура НК (АВГ)
Студенты знакомятся с химической структурой НК,
а также делают попытку предсказать водородные связи, образуемые
основаниями в ДНК.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
| |
2.
(13 сентября 2005) |
| |
|
Пространcтвенная структура ДНК (АВГ)
Студенты изучают структуру ДНК, сравнивают А и В формы ДНК
и находят различия.
Знакомство с пакетом 3DNA.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
| |
3.
(20 сентября 2005) |
| |
|
Пространственная структура РНК (АВГ)
Студенты определяют вторичную структуру
РНК разными способами.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
| |
4.
(27 сентября 2005) |
| |
|
Зачетное задание
[задание]
[результаты]
|
| Блок 2.
Работа с последовательностями нуклеиновых кислот |
| |
5.
(4 октября 2005) |
| |
|
Работа в командной строке (САС)
Студенты знакомятся с принципами работы интерпретатора
командной строки "bash".
[задания]
[материалы]
|
| |
6.
(11 октября 2005) |
| |
|
Банк EMBL (САС)
Студенты учатся работать с архивным банком
нуклеотидных последовательностей.
[задания]
[материалы]
|
| |
7.
(18 октября 2005) |
| |
|
Пакет BLAST (САС)
Преподаватели рассказывают о программах пакета BLAST.
Студенты учатся работать с этими программами из командной строки.
[задания]
[материалы]
|
| |
8.
(25 октября 2005) |
| |
|
Пакет Fasta. Программа MEGABLAST (САС)
Продолжение рассказа о популярных программах поиска
в банках по последовательности.
[задания]
[материалы]
|
| |
9.
(1 ноября 2005) |
| |
|
Пакет EMBOSS (САС)
Преподаватели рассказывают об основных принципах
организации пакета биоинформатических программ, а также о некоторых
полезных приемах работы в командной строке.
Студенты, пользуясь полученными знаниями, аннотируют
транслируемые участки во фрагменте бактериального генома.
[задания]
[материалы]
[форма отчета за блок 2]
|
| Блок 3.
Филогенетические деревья |
| |
10.
(8 ноября 2005) |
| |
|
Элементарные эволюционные события (АБР)
Cтуденты создают выборки гомологичных белков и их генов, детально
описывают различия в генах ближайщих гомологов, а также пытаются
исследовать, как изменения в генах сказываются на изменениях
в аминокислотных последовательностях.
[задания]
[материалы]
|
| |
11. (15 ноября
2005) |
| |
|
Моделирование эволюции гена (АБР)
Преподаватели рассказывают о способах изображения и описания филогенетических
деревьев. Студенты разбирают данные им скобочные структуры, рисуют
деревья и получают наборы нуклеотидных последовательностей, эволюционировавших
в соответствии с полученными деревьями.
[задания]
[материалы]
[скобочные формулы]
|
| |
12. (22 ноября
2005) |
| |
|
Эволюционные расстояния между последовательностями
(АБР)
Преподаватели рассказывают о разных способах оценки эволюционных расстояний
между последовательностями. Студенты оценивают разными способами попарные расстояния между последовательностями
в своих моделях эволюции и сравнивают полученные расстояния с числом мутаций,
заложенным в моделях.
[задания]
[материалы]
|
| |
13.
(29 ноября 2005) |
| |
|
Реконструкция филогенетического дерева с помощью
4-х разных методов
(АБР)
Студенты разными способами реконструируют филогенетические деревья
своих эволюционных моделей, а затем сравнивают полученные
реконструкции с "истинными" деревьями.
[задания]
Срок сдачи отчета по практикумам 10–13:
вторник 6 декабря, 20 ч. 30 мин.
Формат отчета
|
| |
14.
(5 декабря 2005 г., понедельник, 10:55,
ауд. 406) |
| |
|
Лекция по методам реконструкции
филогении.
[презентация]
|
| |
15.
(13 декабря 2005) |
| |
|
Бутстреп-анализ филогении. Работа с интерактивной версией
пакета PHYLIP (САС)
[задания]
|
