Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/term3/task15.html
Дата изменения: Tue Dec 13 14:41:44 2005
Дата индексирования: Sat Dec 22 07:17:26 2007
Кодировка: Windows-1251
Task 15 (bootstrap & tree visualization)

Занятие 15. Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP

Создайте рабочую директорию для сегодняшнего задания и скопируйте туда exe-файлы и файл fontfile из директории P:\y04\Term3\Practice15.

Для тех, кто будет делать дома: установите у себя PHYLIP; архив с exe-файлами можно взять здесь.

  1. Проведите бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям вашего дерева (см. занятие 13). Этапы работы:
    1. Переведите ваше выравнивание в PHYLIP-формат и поместите его в файл с именем "infile".
    2. Запустите программу seqboot. Не меняйте параметры, заданные в этой программе по умолчанию. В файле "outfile" должно образоваться 100 бутстреп-реплик вашего выравнивания. Переименуйте "outfile" в "infile".
    3. Запустите программу dnaml. Укажите, что программа должна обработать 100 выравниваний (команда "M"). В файле "outtree" в результате работы программы должно оказаться 100 скобочных формул. Переименуйте "outtree" в "intree".
    4. Запустите программу consense. В файле "outfile" должны появиться результаты бутстреп-анализа.
    Опишите в кратком отчете, совпало ли косенсусное дерево по топологии с реальным деревом и каковы бутстреп-значения внутренних ветвей консенсусного и реального деревьев. Проиллюстрируйте свои выводы выдержками из выходного файла.
     
  2. (*) Повторите п. 1, используя Jackknife вместо Bootstrap. Сравните результаты.
     
  3. Создайте программами пакета PHYLIP два графических изображения дерева, которое было получено Вами на предыдущем занятии методом Neighbor-Joining: в бескорневом виде и в виде филограммы, укорененной в среднюю точку. Этапы работы:
    1. Скопируйте скобочную формулу нужного дерева в файл с именем "intree".
    2. Запустите drawtree. Результат ("outfile") переименуйте в nj_tree.ps, откройте ассоциированной программой и экспортируйте в gif-формат.
    3. Программой retree укорените дерево в среднюю точку и сохраните как укорененное дерево. Переименуйте "outtree" в "intree".
    4. Запустите drawgram. Установите параметры так, чтобы была нарисована филограмма ("phenogram" и "use branch lengths" в терминологии PHYLIP), ориентированная горизонтально. Результат экспортируйте в gif-формат.
    5. Создайте html-страничку (или Word-документ), содержащую полученные изображения, с адекватными заголовком и подписями.
       
  4. (*) Восстановите предковую последовательность для выравнивания мутированных последовательностей и сравните ее с реальной предковой последовательностью. (Указание: программа dnaml, команда "5").

Формат отчета — гиперссылки на отчеты по каждому пункту