Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/term2/Zadachi.doc Дата изменения: Mon May 23 15:08:31 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:17:07 2007 Кодировка: koi8-r

Упражнение «Задача»


Вам будет предложено выполнить простое упражнение, для успешного выполнения
которого необходимо следующее
а) знание пройденного материала;
б) умение работать с программами Excеl, Rasmol, Genedoc, SRS, Blastp, PSI-
Blast, а также с программами пакета EMBOSS - emma, needle, water, matcher;
в) навыки использования команд операционной системы UNIX;
г) умение ориентироваться в базах данных UniProt, Pfam, ProSite, InterPro.


Примерные типы задач


Задача 1

Написать и выполнить запрос к SRS, находящий все ., кроме фрагментов, из
таксона . в банке Swiss-Prot. Сохранить на диск файл с последовательностями
в Fasta-формате.

Задача 2

С помощью SRS получите файл с последовательностями всех белков из Swiss-
Prot, чьи структуры описаны в PDB-файлах .

Задача 3

В банке Pfam найдите ID домена ".". С помощью SRS получите файл с
последовательностями всех белков, описанных в Swiss-Prot как содержащие
данный домен

Задача 4

Даны 2 аминокислотные последовательности. Постройте график зависимости веса
наилучшего локального выравнивания от (номера матрицы BLOSUM, значения
штрафа за гэп, значения штрафа за удлинение гэпа).

Задача 5

Даны 2 аминокислотные последовательности. Постройте график зависимости
длины наилучшего локального выравнивания от (номера матрицы BLOSUM,
значения штрафа за гэп, значения штрафа за удлинение гэпа).

Задача 6

Даны 2 аминокислотные последовательности. Постройте график зависимости
процента совпадений в наилучшем глобальном выравнивании от (номера матрицы
BLOSUM, значения штрафа за гэп, значения штрафа за удлинение гэпа).

Задача 7

Дана аминокислотная последовательность. Найдите её ближайшего родственника
среди описанных в Swiss-Prot белков Bacillus subtilis. Получите наилучшие
локальное и глобальное выравнивания этих двух последовательностей при
значениях параметров: штраф за гэп 12, штраф за удлинение гэпа 3, матрица -
BLOSUM62.

Задача 8

Дана аминокислотная последовательность. Посредством BLASTP получите список
её предполагаемых гомологов (порог E-value = 0,1) из банка Swiss-Prot.
Сохраните файл с последовательностями находок на диск.

Задача 9

Дана аминокислотная последовательность. Посредством PSI-BLAST получите
список её предполагаемых гомологов из банка Swiss-Prot. Сохраните на диск
список.

Задача 10

Дано множественное выравнивание. Составьте по нему паттерн и определите
число белков в Swiss-Prot, содержащих этот паттерн.

Задача 11

Дан набор последовательностей в Fasta-формате. Постройте множественное
выравнивание. Используя GeneDoc, найдите в выравнивании консервативный
участок; выпишите границы этого участка в каждой из последовательностей
выравнивания.

Задача 12

Дано множественное выравнивание. Реконструируйте эволюцию семейства методом
Neighbor-joining.