Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/term2/Theor.doc Дата изменения: Wed May 18 14:22:05 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:14:54 2007 Кодировка: koi8-r

Теоретические вопросы к итоговому зачету


Банки Swiss-Prot и TrEMBL. Документ (запись) банка Swiss-Prot, его основные
части.

(см. презентацию здесь или на диске P:\y04\Presentations\protein_db.ppt)


1. Гомологи, признаки гомологии. Ортологи и паралоги.

(см. презентацию здесь или на диске P:\ \y04\Presentations\align.ppt)

2. Пути эволюции белков: точечные мутации, доменные перестройки

(см. слайды 8-11 той же презентации, что к предыдущему вопросу)

3. Матрицы аминокислотных замен

Алгоритм построения матриц серии BLOSUM. PAM и BLOSUM, их различия и
правильное использование

(см. статью Henikoff&Henikoff, 1992 и свои записи от занятия 4)

4. Глобальное выравнивание

В чем состоит биологическая и математическая задача построения
глобального выравнивания? Алгоритм Нидельмана - Вунша (можно на
конкретном примере).

(см. свои записи от занятия 6 и Online-учебники, например, этот или этот)

5. Локальное выравнивание

В чем состоит биологическая и математическая задача построения локального
выравнивания? Алгоритм Смита - Ватермана: для данной пары
последовательностей.

(см. записи от занятия 7 и Online-учебники)

6. BLASTP

Для решения каких задач предназначен BLASTP? Каково основное преимущество
BLASTP перед аналогичными программами, за счет чего оно достигается?
Основные этапы работы BLASTP. Что такое E-value?

(см. записи, учебник на NCBI и другие, например, этот)

7. PSI-BLAST

Для решения каких задач предназначен PSI-BLAST? Опишите
последовательность событий при выполнении трех последовательных итераций.

(см. Help на сайте NCBI и свои записи)

8. CLUSTALW

Для решения каких задач предназначен CLUSTALW? В чем состоят три основных
этапа работы CLUSTALW? Перечислите основные типы колонок множественного
выравнивания.

(см. записи и Online-учебники, напр., этот)

9. Паттерн. Профиль. Мотив.

Что такое мотив (в последовательностях белков)? Что такое паттерн и
профиль? Для чего их используют? Для выданного фрагмента выравнивания
построить паттерн и профиль-PSSM и объяснить свои действия.

(см. презентацию)

10. Филогенетические деревья

Терминология описания дерева: корень, узел, лист, ветвь. Неукоренённые
деревья и их смысл. Общая идея алгоритма UPGMA. Свойства деревьев,
построенных алгоритмами UPGMA и Neighbor-Joining.

(см. презентацию)