Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/term2/task_11.doc Дата изменения: Fri Apr 29 12:33:42 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:16:57 2007 Кодировка: koi8-r

Занятие ? 11 второго семестра: 4 упражнения
Внимание! Результаты этих упражнений нужно оформить в виде 2-х HTML-
страничек ( pfam.html и interpro.html

Упражнение 1 Описать доменную структуру Вашего белка.

По идентификаторам UniProt найдите описание доменной структуры Вашего белка
в базе данных Pfam, http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/index.shtml.
Подсказка: на главной страничке базы данных Pfam есть окошко с названием
«Enter a Uniprot identifier»

1. Приведите картинку с изображением доменной структуры а.к.
последовательности Вашего белка
2. Для каждого домена укажите идентификатор Pfam, сокращенное название,
полное название на русском языке и положение домена в
последовательности, например:

PF00218 IGPS «Индол-3-глицерофосфатсинтетаза», а.о ( 4-252

3. *Щелкните по любому из доменов, а затем в левом фрейме выберите нужный
Вам файл PDB и сохраните картинку с изображением положения доменов в
3D- структуре. Под картинкой обязательно укажите идентификатор PDB.

Упражнение 2. Описать семейство доменов, к которому относится N-концевой
домен Вашего белка (рассматривать домены только из PfamA).

1. Перескажите своими словами, но близко к тексту, описание доменов
данного семейства.
2. Опишите, в каких таксонах встречаются белки с такими доменами. Для
этого заполните следующую табличку.

| |Количество белков с |
|Таксон |доменом PF...... |
|Эукариоты |Растения | |
| |Грибы | |
| |Животные | |
|Бактерии | |
|Археи | |


Подсказка: используйте кнопку «Species Distribution», но
ограничьтесь таксонами второго
уровня («2 level»)
3. Рассмотрите изображения основных типов доменной архитектуры
(«representative architecture») и ответьте на следующие вопросы.
Сколько всего известно белков с доменами хххх?
Что бывает чаще, домен хххх - единственный домен в белке, или домен
ххх встречается в белках в сочетании с другими доменами?
Известны ли случаи дупликации домена хххх?
Известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из
доменов - ххххх?

Упражнение 3. Описать документ InterPro.
Из документа Pfam, описывающего N-концевой домен Вашего белка, перейдите в
соответствующий документ интегрированной БД InterPro.
В протоколе приведите идентификатор документа InterPro, его название и
количество белков, в которых обнаружена данная подпись.
Далее перечислите все подписи, на основе которых был создан данные
документ.
Для каждой БД укажите ее название, идентификатор, имя подписи и число
белков.
*Если данная подпись находится в отношениях родства или вложенности с
другими подписями, опишите эти отношения, для отношений родства, приведите
дерево.


Упражнение 4. Описать все известные подписи в Вашем белке, собранные в БД
InterPro.

Найдите подробное описание всех собранных подписей в Вашем белке.
В поле «Matches» выберите подробное описание с сортировкой по имени белка
(«Detailed: sorted by names»). На появившейся странице слева выберите
группу названий, в которой должно находиться краткое название Вашего белка.
Щелкните по ссылке и найдите в правой части нужный белок.
Структурные мотивы не рассматриваем!!

Скопируйте в протокол картинку, изображающую положение мотивов в
последовательности.
Далее заполните табличку.

|Название подписи |Положение в |Полное |* Название организации, |
| |последовательност|название |поддерживающей данную БД. |
| |и |базы данных |Город и страна |
| |Хххх_Ecoli | | |
|NUCLEAR_REC_DBD_1 |25-105 |PROSITE |Swiss |Швейцария, |
| | | |Institute of |Женева |
| | | |Bioinformatics| |
| | | | | |



Внимание, с вечера 29 апреля по 3 мая основной сервер Pfam будет
недоступен, можно воспользоваться «зеркальными» серверами, их адреса можно
найти на стр. http://pfam.wustl.edu/
Имейте в виду, что оформление и возможности будут несколько иные.