Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/task_4.doc Дата изменения: Thu Oct 14 15:53:41 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 16:12:03 2012 Кодировка: koi8-r

Практикум ?4


Упражнения


Перед началом выполнения упражнений заведите директорию Practice4, в ней
файл Protocol.txt. В этот файл пишите протокол - дату, краткую информацию о
том, что сделано по каждому заданию. Протокол должен быть понятен
«постороннему» - человеку, не видевшему сами задания.

1. Вычисление молекулярной массы белка по его аминокислотному составу
Откройте файл AA.xls, добавьте новый лист и назовите его MW (от английского
"molecular weight"). Скопируйте на него таблицу с названиями и
молекулярными массами аминокислот. Оставьте только однобуквенные
обозначения и массы, отсортируйте таблицу по алфавиту. Рядом разместите
копию таблицы с аминокислотным составом Вашего белка (внимание: возможно
Вам потребуется «специальная вставка»!). Если в ней другой порядок
аминокислот, отсортируйте и эту таблицу. Соедините таблицы в одну, оставив
только однобуквенные обозначения и необходимые Вам данные. Используя
формулы и их копирование, вычислите молекулярную массу белка. Кратко
опишите в протоколе алгоритм вычисления молекулярной массы и результат.
Помните, что молекула белка - это не куча отдельных аминокислот!

2. Сравнение разных шкал гидрофобности. Особенности аминокислотного
состава мембранных белков.

2.1. Разные методы оценки гидрофобности боковых групп приводят к разным
шкалам гидрофобности. Возьмем 3 разные шкалы и выберем аминокислоты, чьи
боковые группы гидрофобны (или гидрофильны) во всех 3-х шкалах .

Создайте новую страницу книги и назовите ее HPhob.
Скопируйте на него 3 разные популярные шкалы гидрофобности (файлы
AA_Eisenberg.txt, AA_K&D.txt, AA_Hexp на диске Р).
Каждую шкалу отсортируйте по количественной оценке гидрофобности.
В каждой из них выберите значение, наиболее близкое к 0 и закрасьте ячейку
серым цветом.
Все ячейки с большими числами закрасьте красным, а с меньшими, - зеленым.
Отсортируйте все 3 шкалы по названиям аминокислотных остатков и соедините в
одну таблицу.
Добавьте столбец, показывающий гидрофобность/гидрофильность каждого
аминокислотного остатка, например, остатки, гидрофобные по всем 3-м шкалам,
обозначьте единицей, гидрофильные по 3-м шкалам- числом "-1", а все
остальные - 0.
В протокол запишите списки гидрофобных и гидрофильных аминокислот согласно
3-м предложенным Вам шкалам.

2.2 На этом же листе ниже создайте таблицу вида:

| |Среднее содержание в |Содержание в белке ...|
|Аминокислота | | |
| | |(краткое название |
| | |Вашего белка) |
| |протеоме E.coli|бактериальных | |
| | |транспортерах класса | |
| | |TC.2A | |
|А |0,12 |. |. |


Таблицу со средним аминокислотным составом мембранных белков класса TC.2A
Вы найдете в файле AA_F.tm на диске Р. Вычислите для всех 3-х случаев
отношение количества гидрофобных к количеству гидрофильных аминокислот
(понимая под гидрофобностью/гидрофильностью согласованное «мнение» 3-х шкал
гидрофобности). В протоколе приведите результаты и опишите Ваши выводы и
наблюдения.

3. Диаграмма, иллюстрирующая аминокислотный состав Вашего белка в сравнении
со средним аминокислотным составом протеома E.coli




Создайте новый лист в книге и назовите его Comparison. На нем нужно создать
таблицу вида

|Аминокислота|Частота в (имя |Средняя |
| |белка) |частота в |
| | |протеоме |
| | |E.coli |
|А |0,045 |0,051 |
|С | | |


Добавьте к таблице справа четвертый столбец, в котором против каждой
аминокислоты будет стоять число 0,05. Что значит это число, нетрудно
догадаться. Столбец нужно озаглавить.
Выделите таблицу и вызовите мастера диаграмм. Среди типов нестандартных
диаграмм выберите смешанную диаграмму - гистограмму ("столбики") и график,
построенные на одной оси. На каждом шаге используйте возможности мастера
диаграмм для создания понятного рисунка. Диаграмма должна иметь общее
название, разумную легенду, понятные подписи осей.
Создайте документ Word с названием compare.doc. Скопируйте в него
диаграмму. Ниже опишите самые существенные, на Ваш взгляд, отличия:
а) среднего аминокислотного состава протеома кишечной палочки от
равномерного распределения аминокислотных остатков;
б) аминокислотного состава Вашего белка от среднего.

4*. Проведите сравнение результатов, полученных Вами в упр.2.1 с данными
таблицы «Общественное мнение о свойствах боковых групп». Если увидите
расхождение, попробуйте объяснить, почему так получилось.