Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/task_2.doc Дата изменения: Thu Oct 14 15:53:40 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 16:11:59 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 2
Задания
Внимание: многие файлы, созданные на этом занятии, понадобятся на
следующем! Названия их подчеркнуты!

1. Организация рабочей области.
Запустить FAR manager. На диске H создать каталог Term1 (первый
семестр), в нём два подкаталога: PractiсеWorks - для занятий;
CreditWorks - для зачетных заданий. В каталоге PractiсеWorks создать
подкаталог Practicе2 для хранения файлов 2-го занятия.
2. Создание протокола занятия
Создать в каталоге PracticеWorks файл Protocol.txt для записи
результатов заданий. Напишите заголовок:
«Протокол занятия 2». Ниже укажите дату создания протокола, полный и
относительный путь к этому файлу. С новой строки напишите краткое
название Вашего белка, имя его гена и номер локуса. Сохранить файл.
3. Найти и сохранить описание Вашего белка и его гена
Из архива ecoli.zip (диск P) скопировать файл ecoli.embl в свой каталог
Practicе2. В файле ecoli.embl найти информацию о вашем гене и
скопировать её в протокол.
Подсказка: информация о гене (название гена, название белка,
последовательность белка) заключена между 2-мя строками, начинающимися с
«FT CDS»; для поиска своего гена воспользуйтесь клавишей , для
копирования информации в другой файл - выделением блока (см. подсказку по
редактору FAR'а) и буфером (, ).
4. Создать файл с аминокислотной последовательностью в формате Fasta
Скопировать файл Protocol.txt в новый файл с именем name.fasta, где
name - название вашего
белка. Отредактировать этот файл так, чтобы в нем содержалась только
информация об аминокислотной последовательности в формате Fasta
(первая строка:

>name description , далее с новой строки - последовательность, в одну
или несколько строк, без пустых строк. (Образец - в файле Protein.fasta
на диске P). Сохранить файл.
5. Сравнить тексты, написанные в разных кодировках
В протоколе написать «Разные кодировки кириллицы». Написать фразу "Атака
заката " в трех различных кодировках русского языка. (каждый раз с
новой строки). Определить hex-коды пробела, буквы "т", конца строки в
каждой из кодировок. Результаты описать в протоколе.
6. Сравнить свойства файлов
Найти не менее 2-х различий между файлами а1.txt и а2.txt на диске
P:\y04\Practice2 (разные имена - не в счет!). Результаты сравнения
описать в следующем пункте Вашего протокола.

7. Набрать таблицу названий и обозначений аминокислот
| |Таблица названий и обозначений аминокислот |
|Набрать таблицу названий и |A Ala Alanine Аланин |
|обозначений аминокислот в |R Arg Arginine Аргинин |
|виде 4-х столбцов: |N Asn Asparagine Аспарагин |
|однобуквенное обозначение; |D Asp Aspartic Acid Аспарагиновая кислота |
|трехбуквенное обозначение; |C Cys Cysteine Цистеин |
|русское (в Win-кодировке) |Q Gln Glutamine Глутамин |
|название; английское |E Glu Glutamic Acid Глутаминовая кислота |
|название. Аминокислоты |G Gly Glycine Глицин |
|расположить в алфавитном |H His Histidine Гистидин |
|порядке однобуквенных |I Ile Isoleucine Изолейцин |
|обозначений. Сохранить |L Leu Leucine Лейцин |
|таблицу в файле |K Lys Lysine Лизин |
|aanames.txt. |M Met Methionine Метионин |
| |F Phe Phenylalanine Фенилаланин |
| |P Pro Proline Пролин |
| |S Ser Serine Серин |
| |T Thr Threonine Треонин |
| |W Trp Tryptophan Триптофан |
| |Y Tyr Tyrosine Тирозин |
| |V Val Valine Валин |