BG/P: опыт установки GROMACS
oz - пт, 19 декабря 2008 - 16:02
Подробная инструкция по конфигурированию GROMACS на Blue Gene/P доступна здесь: http://wiki.gromacs.org/index.php/GROMACS_on_BlueGene
Установка FFTW:
CC=mpixlc_r \ CFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \ MPICC=mpixlc_r \ CXX=mpixlC_r \ CXXFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \ F77=mpixlf77_r \ FFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \ LIBS="-lmass" \ ./configure --enable-mpi --enable-openmp --enable-fma --prefix=/home/oz/gro/fftw
FFTW на фронтэнде:
CC=xlc_r \ CFLAGS="-q64" \ CXX=xlC_r \ CXXFLAGS="-q64" F77="xlf77_r -q64" \ ./configure --prefix=/gpfs/data/oz/fftw.fen --disable-fortran
Установка GROMACS:
CC=mpixlc_r \
CFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \
MPICC=mpixlc_r \
CXX=mpixlC_r \
CXXFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \
F77=mpixlf77_r \
FFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \
LIBS="-lmass" \
CPPFLAGS="-I/home/oz/gro/fftw/include" \
LDFLAGS="-L/home/oz/gro/fftw/lib" \
./configure \
--prefix=/home/oz/gro/gromacs \
--host=ppc \
--build=ppc64 \
--enable-ppc-sqrt=1 \
--enable-bluegene \
--enable-mpi \
--with-fft=fftw2 \
--without-x \
--enable-double \
--disable-ia32-3dnow \
--disable-ia32-sse \
--disable-x86-64-sse \
--disable-ia64-asm \
--disable-apple-64bit
Установка GROMACS на фронтэнде:
CC=xlc_r \
CFLAGS="-q64" \
CXX=xlC_r \
CXXFLAGS="-q64" \
F77=xlf77_r \
FFLAGS="-q64" \
CPPFLAGS="-I/home/oz/gro/fftw.fen/include" \
LDFLAGS="-L/home/oz/gro/fftw.fen/lib" \
./configure \
--prefix=/home/oz/gro/gromacs.fen \
--host=ppc \
--build=ppc64 \
--enable-ppc-sqrt=1 \
--with-fft=fftw2 \
--without-x \
--enable-double \
--disable-ia32-3dnow \
-disable-ia32-sse \
--disable-x86-64-sse \
--disable-ia64-asm \
--disable-apple-64bit
В конфигурационных файлах нужно прописать:
export PATH=$PATH:/gpfs/data/oz/gromacs.fen/bin/
- Пожалуйста, авторизуйтесь на сайте, если хотите оставить свой комментарий
Более стабильный вариант:
не использовать опцию --bluegene и применить ключи -qstrict -qarch=450 (вместо 450d).
CC=mpixlc_r \ CFLAGS="-O3 -qstrict -qarch=450 -qtune=450" \ MPICC=mpixlc_r \ CXX=mpixlC_r \ CXXFLAGS="-O3 -qstrict -qarch=450 -qtune=450" \ F77=mpixlf77_r FFLAGS="-O3 -qstrict -qarch=450 -qtune=450" \ LIBS="-lmass" \ ./configure \ --enable-mpi \ --enable-fma \ --prefix=/home/oz/gro/fftwCC=mpixlc_r \ CFLAGS="-O3 -qstrict -qarch=450 -qtune=450" \ MPICC=mpixlc_r \ CXX=mpixlC_r \ CXXFLAGS="-O3 -qstrict -qarch=450 -qtune=450" \ F77=mpixlf77_r \ FFLAGS="-O3 -qstrict -qarch=450 -qtune=450" \ LIBS="-lmass" \ CPPFLAGS="-I/home/oz/gro/fftw/include" \ LDFLAGS="-L/home/oz/gro/fftw/lib" \ ./configure \ --prefix=/home/oz/gro/gromacs \ --host=ppc \ --build=ppc64 \ --enable-ppc-sqrt=1 \ --enable-mpi \ --with-fft=fftw2 \ --without-x \ --enable-double \ --disable-ia32-3dnow \ -disable-ia32-sse \ --disable-x86-64-sse \ --disable-ia64-asm \ --disable-apple-64bit \ --enable-all-staticУспешно работает на 512 ядрах (128 вычислительных узлов в VN-режиме или 512 — в SMP-режиме).