Осуществляется комплексная программа по изучению влияния антропогенной трансформации среды обитания на животных. Проводятся исследования факторов, контролирующих динамику численности, структуру популяций и успешность размножения синантропных видов, обитающих в специфической среде. Разрабатывается стратегия поиска и сохранения территорий, где в пригородных условиях сохранились поселения животных с наибольшей численностью и видовым разнообразием. Методами сравнительного анализа экологии и поведения в группах экологически и генеалогически близких видов, проявляющих антропофильные тенденции, в контексте реконструкции их филогенезов, ведется поиск общих эволюционных закономерностей синантропизации и урбанизации животных (группа профессора А.С.Северцова; к.б.н. К.В.Авилова, к.б.н. В.В.Корбут).

Исследуются принципы организации многовидовых сообществ животных. Разрабатываются проблемы их экологической и этологической совместимости, анализируются факторы, контролирующие пространственную структуру, динамику численности и временные аспекты поведения сосуществующих видов. Особое внимание в русле изучения механизмов интеграции и сегрегации в многовидовых сообществах уделяется информационным, сигнальным взаимодействиям между близкими видами. Большой круг проблем связан с изучением феномена социальности животных, закономерностей межвидовой и ситуационной изменчивости социальных систем, проблем близкородственной вариабельности социальных структур и отношений, эволюции социальных систем (группы профессора Б.Д.Васильева и д.б.н. Г.Н.Симкина).

Изучение генезиса ихтиофауны бассейна Москва реки и комплексный экологический мониторинг в Красновидове в соответствии с рекомендациями Международной программы мониторинга составляют основной предмет группы академика Д.С.Павлова.

Перечисленные направления работ используются для разработки новых приемов анализа истории и динамических аспектов фауногенеза, разработки новых стратегий охраны и экологической оптимизации природной среды, охраны редких и исчезающих видов, реликтовых популяций и экосистем.

Существенным аспектом работы в последние годы стал переход от повидового анализа фаунистических комплексов к более тонкому анализу на основе популяционных группировок и подвидовых таксонов. Созданы предпосылки для разработки проблемы "управляемого онтогенеза" позвоночных, общей теории экогенеза (на уровне родовых и более высоких таксонов). Ведется изучение экологических и эволюционных аспектов обмена веществ и терморегуляции, как ведущих факторов, определяющих адаптивные возможности животных и их устойчивость по отношению к изменениям среды обитания. Разрабатывается базовая теоретическая модель метаболизма животных и прослеживаются ее конкретные модификации в зависимости от географического распространения, специфики образа жизни, сезонных явлений и таксономической принадлежности видов (группа д.б.н. В.М.Гаврилова). На основе пробных площадей проводится биоморфологический анализ всех видов лесных растений, а также популяционные исследования доминирующих и редких видов (группа профессора В.Н.Павлова). Ведутся исследования по альгологии и микологии (д.б.н. И.И.Сидорова, д.б.н. В.П.Прохоров, д.б.н. Л.Л.Великанов, д.б.н. А.Н.Лихачев, к.б.н. Т.Н.Барсукова), выявляющие видовой состав, распределение и возможность использования определенных видов в качестве индикаторов состояния экосистем. Изучение cтруктурно-функциональной роли почв в формировании и сохранении фитоценозов является основной задачей группы почвоведов (профессор Л.А.Воробьева, к.б.н. Н.Е.Первова).