In this article we considerљcalculationљof discrete Laplacian for 1D arrays usingљpython/numpy/scipy. We introduceљthe sparse matrix technique that is rather efficient for computation of certain types of diffusion PDE.
Constructing discrete Laplacian via sparse matrix
Published in Январь 24th, 2016
Posted by admin in Без рубрики
1 Comment
All-atom automatic OPLS-AA topology generator
Published in Май 30th, 2015
Posted by admin in Без рубрики
OPLS-AA topology generation is a very complex task because of huge amount of the atomtypes described this force field. The OPLS-AA force filed contains more than 800 atom types that is nevertheless not sufficient for describing all the diversity of chemical structures. Thus, as parameters for new chemical fragments appears in literature the atomtype database […]
Visualize partial charges in PyMol
Published in Октябрь 30th, 2014
Posted by admin in Без рубрики
With QM software like GAMESS/Firefly it is possible to obtain much information about a molecule in text format. There exist some ?envelope? software like Gabedit or WxMacMolPlt that could help you to visualize this information. Here we provide some instructions that will allow you to make your own visualization using powerful abilities of PyMol. Below […]
Задача: адсорбция катионов на фосфолипидных мембранах из анионных липидов
Published in Апрель 8th, 2013
Posted by admin in Без рубрики
Живая клетка состоит из многих компонентов, покрытых мембраной, которая во многом обеспечивает их барьерные и структурные функции. Поверхность мембран живой клетки практически всегда заряжена отрицательно, что отражается на свойствахљмембраны омывающего ее раствора. Изменение заряда мембраны возможно двумя способами: при помощи изменения состава заряженных липидов и нелипидных компонент мембраны и при помощи адсорбции заряженных частиц на […]
Нанопрактикум
Published in Ноябрь 3rd, 2009
Posted by admin in Без рубрики
Для изготовления нанотрубки и визуализации НМ вам понадобятся PyMOL и два скрипта для него: Генератор НТ: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py Визуализатор нормальных мод: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/nmgen.py Скрипты нужно скачать и запустить из PyMOL. Например: $ wget http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py $ pymol PyMOL> run ./ntgen.py На наших машинах PyMOL и соответствующие скрипты у студентов установлены. Создание нанотрубки: PyMOL> ntgen nanotube, N, M, L, […]
Большой практикум лаборатории
Published in Сентябрь 7th, 2008
Posted by admin in Без рубрики
Комментарии отключены
Методы молекулярного моделирования в настоящее время стали незаменимым инструментом изучения биомолекул, позволяющим решать широкий класс задач, зачастую недоступных экспериментальным методам. Методы молекулярного моделирования широко используются для исследования структурно-функциональных взаимосвязей в биомолекулах, поиска новых лекарств, исследования свойств отдельных молекул и их ансамблей, в том числе липидных мембран. В рамках задачи вы ознакомятесь с теоретическими основами и […]
Метки
Последние записи
- OPLS-AA patch for different types of molecules
- Reaction-diffusion systems in 2D space with python
- Constructing discrete Laplacian via sparse matrix
- All-atom automatic OPLS-AA topology generator
- Scanning PES ab initio and in MM
- Quantum chemistry information page
- Python script for processing FRAP image set
- Using Firefly/GAMESS-US efficiently
- Building and plotting Fukui function with FireFly and PyMol
- Visualize partial charges in PyMol
Комментарии
- comcon1 in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- zoidberg in Инструкции по уста?…
- Natallia in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- » OPLS-AA… in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- Luge Zhang in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- » Reactio… in Constructing discrete Laplacian via…
- comcon1 in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- Luge Zhang in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- » Quantum… in Building and plotting Fukui functio…
- » Scannin… in Using Firefly/GAMESS-US efficiently…