Автор более 150 научных работ, в том числе (в соавт.) нескольких монографий, методических пособий, а также изданных карт: неотектоники Арктики и Субарктика (1971), поверхностей выравнивания и кор выветривания СССР (1972), неотектоники СССР (1979, 1986), Южной Азии (1984), Мира (1985), разломной тектоники Южной Азии (1983), четвертичных отложений южной части района ЭСКАТО (1982), геоморфологической карты СССР (1985), палеогеоморфологического атласа СССР (1983) и объяснительных записок к ним. Выступал с докладами на международных и всесоюзных конгрессах и совещаниях (INQUA и др.).

С 1990 г. – фундаментальные теоретические исследования механизма тектонического разрывообразования в связи с проблемой прогнозирования сейсмичности. Исследована и описана в категориях нелинейной динамики специфика зарождения и развития магистральных разрывов в условиях грубодискретно структурированной геологической среды, изложены основные положения новой, физической теории сейсмогенного макроскалывания, предложен возможный сценарий возникновения тектонодинамического детерминистского хаоса. Начат анализ основных положений концепции структурных парагенезов в свете новых идей о дискретности и самоорганизованной критичности геологической среды.

Разрабатываются методологические проблемы геологической науки (соотношение эмпирического и теоретического уровней в построении естественно-научного знания, применение методологических принципов и правил в фундаментальных и научно-практических геологических исследованиях и пр.). В печати – учебное пособие “История и методология геологических наук” (24 п.л., в соавт. с В.Е. Хаиным и А.Г Рябухиным).

Результаты исследований используются в учебных практических и лекционных курсах “Общая геология”, “История и методология науки”.

Публикации с 1995 г. (тектонофизическая и методологическая проблематика):

1.А.А. Наймарк. Какова “истинная” структурированность геологической среды? Ежегодн. Научн. конф. “Ломоносовские чтения” (Москва, 1995). Тезисы докл. М., МГУ, 1995. С. 38.
2. А.А. Наймарк. К разработке геодинамических основ теории сейсмотектогенеза. Пробл. сейсмол. и инж. геологии (тезисы докл. Междунар. конф. 23-26 мая 1995 г.). Ташкент, 1995. С. 41 – 42.
3. А.А. Наймарк. Физический механизм предразрушения и проблемы унаследованности сейсмогенных тектонических сдвиганий. Геология, ч. 2. Прогр. “Унив-ты России”. М., МГУ, 1995. С. 7 – 12.
4. А.А. Наймарк. Структурированность геологической среды и корректность реконструкций ее напряженного состояния. Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1995. ?3. С. 14 – 21.
5. А.А. Наймарк. Структурированность геологической среды и физический механизм разрывообразования (статья 1). Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1996. ?3. С. 27 – 35.
6. А.А. Наймарк. Структурированность геологической среды и физический механизм разрывообразования (статья 2). Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1997. ?1. С. 10 – 15.
7. А.А. Наймарк. Какова “истинная” структурированность геологической среды? Изв. вузов. Геол. и разведка. 1997. ?1. С. 3 – 9.
8. А.А. Наймарк. Фрактальность геологической среды и проблема прогнозируемости сейсмогенного макроскалывания. Изв. вузов. Геол. и разведка. 1997. ?2. С. 23 – 31.
9. А.А. Наймарк. Механизмы локализации и прогнозируемость макроскалывания в структурированных средах. Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1997. ?5. С. 19 – 23.
10. А.А. Наймарк. Эволюция геодинамических систем: хаос или порядок? Изв. вузов. Геол. и разведка. 1998. ?1. С. 11 – 17.
11. А.А. Наймарк. Реверс-каскадная модель процесса разрывообразования и структурные парагенезы. Изв. вузов. Геол. и разведка. 1998. ?3. С. 3 – 9.
12. А.А. Наймарк. Физический механизм и проблема прогнозируемости сейсмогенного макроскалывания в структурированной среде (теоретические аспекты). Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1998. ?4. С. 20 – 26.
13. А.А. Наймарк. Нелинейная динамика: новый взгляд на геокатастрофы. Вестн. Моск. ун-та. Сер.4. Геология. 1998. ?5. С. 33 – 38.
14. А.А. Наймарк, А.Г. Рябухин. Геофизика – тектонофизика – тектонодинамика… (опыт дедуктивного подхода к классификации геолого-физических и физико-геологических дисциплин). Изв. вузов. Геол. и разведка. 1999. ?1. С. 130 – 141.
15. А.Г.Рябухин, А.А. Наймарк. Проблема классификации геологических наук. Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1999. ?2. С. 65 – 70.
16. А.А. Наймарк. О практической методологии в геологических исследованиях. Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 1999. ?4. С. 25 – 30.
17. А.А. Наймарк. О реконструкции полей тектонических напряжений методом вторичных разрывных нарушений. Изв. вузов. Геол. и разведка. 1999. ?6. С. 19 – 26.
18. А.Г. Рябухин, А.А. Наймарк. Геокатастрофы в свете идей нелинейной динамики. IV Междунар. конф. “Новые идеи в науках о Земле” (тезисы докл.). М., 1999. С. 111.
19. А.А. Наймарк. Нелинейная динамика: опровержение постулата прогнозируемости? (к новой парадигме геологии). Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 2000. ?6. С. 10 – 17.
20. A.G. Ryabuhin, A.A. Naimark. Geological hazard in aspect of nonlinear dynamics. 11CD-ROM 31-st Int. Geol. Congress (Rio de Janeiro, August 6 – 7 – 2000): Abstracts. 2000.
21. А.А. Наймарк. К теории сейсмогенного макроскалывания. Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 2001. ?4. С. 3 – 8.
22. А.А.Наймарк. Концепция нелинейности в геологии. В кн.: Н.В.Короновский. Общая геология. Учебник. М., изд-во МГУ. 2002. С. 426 – 437.
23. А.А.Наймарк. Возможны и нужны ли теории в геологической науке? Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 2003. ?2. С. 63 – 69.
24. А.А.Наймарк. Сценарий возникновения тектонодинамического детерминистского хаоса. Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 2003. ?5. С. 22 – 31.
25. А.А.Наймарк. О практической методологии в геологических исследованиях. В кн.: В.Е.Хаин, А.Г. Рябухин. История и методология геологических наук. М., изд-во МГУ. 2004. С.245 – 250.
26. А.А.Наймарк. О нелинейных процессах в геологии. В кн.: В.Е.Хаин, А.Г. Рябухин. История и методология геологических наук. М., изд-во МГУ. 2004. С.254 – 265.
27. А.А.Наймарк. О теории в геологии. В кн.: В.Е.Хаин, А.Г. Рябухин. История и методология геологических наук. М., изд-во МГУ. 2004. С.265 – 274.
28. А.А.Наймарк, А.Г. Рябухин. Современные представления о природных катастрофах. В кн.: В.Е.Хаин, А.Г. Рябухин. История и методология геологических наук. М., изд-во МГУ. 2004. С.283 – 289.
29. А.А.Наймарк. "Эмпирический реализм", гипотезы и теории в естествознании (к научному наследию В.И.Вернадского). Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 2004. ?6. С. 45 – 52.
30. А.А. Наймарк. Возможны и нужны ли теории в геологической науке? Известия АН Азербайджана. Сер. Наук о Земле. 2004. ?2. С. 133-141.
31. А.Г. Рябухин, А.А. Наймарк. Проблемы классификации геологических наук // Изв. АН Азербайджана. Сер. Наук о Земле. 2004. ?1. С. 136 – 142.
32. А.А. Наймарк. Концепция нелинейности в геологии. В кн.: Н.В.Короновский. Общая геология. Учебник. Изд. 2-е, переработанное и дополненное. М., изд-во МГУ. 2006. С. 493 – 513.
33. А.А. Наймарк. Структурированность геологической среды – свойство или состояние? (Проблема, теория, терминология). Вестн. Моск. ун-та. Сер. 4. Геология. 2006. ?2. С. 73 – 80.
34. А.А. Наймарк. Полвека дискуссии фиксистов и неомобилистов: анализ реальности или гипотез, поиски истины или “удобной” теории? Вестник КРАУНЦ. Сер. Науки о Земле. 2006. ? 2. Вып. ? 8. С. 177 – 186.
35.N.V. Koronovsky, A.A. Naimark. Seismic prediction – the state of the problem // Taiwan-Russia Bilateral Symposium on Water and Environmental Technology, November 1 – 2, 2007. Tainan, TAIWAN, R. O. C.