Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/md-2.pdf Дата изменения: Thu May 6 18:36:13 2010 Дата индексирования: Fri Feb 28 20:20:10 2014 Кодировка:

(MD) 2



: · . : , , . : · . · . · , , .



Fi
K
K
b





K
K
I
b





H

b


,
QM ab initio (DFT B3LYP 631+G*). "" . : 1) , b, b0 -, QM 2) K,0 -, QM 3) K, -, , QM 4) qi , ,QM 5) WdV Aij , Cij ,, QM



t





.. .

: steep, CG, l-bfgs ""




- , . 10.


?
:
· · ·

:
· · · ·



· · · · ·




10 .






N2

PME, particle mesh Ewald . FFT,




Self-assembly with PME

Self-assembly with Cut-off



Steepest descent ( )

hn




Conjugate Gradient ( )
, mdp .

. (dummies).



L-bfgs

.

. PME.



1. 2 .. 1 -. 2. . Dummies.


- GROMACS

-



5-7 .


(Shell MD)
. «».

const






« »






« »

. . : LINCS





.



(principal component analysis,essential dynamics)


(steer MD)




Gromacs 50 . : 1. 2. 3. 4. 5. 6. : g_energy, g_com : g_rdf , , : g_bond, g_angle, g_sgangle : g_gyrate, g_sgangle, g_mindist, g_mdmat : g_hbond, do_dssp, g_rama, xrama, wheel : g_order, g_density, g_potential, g_coord


do_dssp


.............



.

GROMACS: Mdrun ­ . g_nmeig - g_anaeig -


RDF