Моделирование самосборки липидного бислоя

1. Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
2. Вам даны файлы,скачайте их в рабочую директорию:
   • дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp.
   • параметры для липидов lipid.itp.
   • координаты одного липида dppc.gro.
   • Файл-заготовка тополгии системы b.top.
   • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
   • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp .
   • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp .
3. Скопируйте с помощью WinScp директорию Ivanov на kodomo. Файлы можно скачать также с помощью WinScp.
4. Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию.

   cd Ivanov/md 

5. На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.

   genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4

   c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol.
6. В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
7. Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.

      editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5 
      

8. Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул.

      grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
      mdrun -deffnm b_em -v
      

   Отметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
9. Добавим в ячейку молекулы воды типа spc.

      genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
      

10. Проведем "утряску" воды:

       grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
       mdrun -deffnm b_pr -v
       

11. Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
12. Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo.

       ssh skif
       mkdir nano/Ivanov
       exit
       

13. Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:

       cd ..
       scp -r md/* skif:nano/Ivanov/
       

14. Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.

       ssh skif
       cd nano/Ivanov
       grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
       mpirun  -np 16 -maxtime 5 -q test /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
       

    Запишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счета можно в файле mdrun_mpi.out-....

       less mdrun_mpi.out-....
       Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
       

15. Если в логе нет ошибок запустите основную задачу:

       mpirun  -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
       

-- AndreyGolovin - 2011-04-07