Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/view/Education/PepMelt
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Sun Apr 10 02:09:57 2016
Кодировка: UTF-8
PepMelt - Education - TWiki
Educational supplies

Моделирование плавления алфа-спирального пептида в формамиде

  1. Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
  2. Вам даны файлы:
    • Координаты пептида, 2xl1.pdb.
    • Файл с ячейкой уравновешеных молекул формамида, fam_em.gro.
    • Файл дополнительной топологии для формамида, fam.itp.
    • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
    • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp.
    • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp. скачайте их в рабочую директорию.
  3. Скопируйте с помощью WinScp директорию Ivanov на kodomo. Файлы можно скачать также с помощью WinScp.
  4. Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию.
        cd Ivanov/md
        
  5. Построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs.
       pdb2gmx -f 2xl1.pdb -o pep -p pep -ff amber99sb -water tip3p
        
  6. Сделаем небольшой отступ в ячейке от ДНК.
     
       editconf -f pep.gro -o pep_ec -d   1.5 
       
  7. Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
       grompp -f em -c pep_ec -p pep -o pep_em -maxwarn 1
       mdrun -deffnm pep_em -v
       
    Отметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
  8. Добавим в ячейку молекулы формамида. Внимательно прочитайте вывод программы и обязательно запомните количество добавленных молекул формамида.
       genbox -cp pep_em -p pep -cs fam_em.gro -o pep_s
       
  9. Теперь надо изменить в текстовом редакторе файл тополгии pep.top. После строчки:
       ; Include forcefield parameters
       
    добавим #include "fam.itp"
       ; Include forcefield parameters
       #include "fam.itp"
       
    Добавим количество молекул формамида в запись [ molecules ], было:
       [ molecules ]
       ; Compound        #mols
       pep                 1
       
    стало:
       [ molecules ]
       ; Compound        #mols
       Protein             1
       FAM         2426
       
    где 2426 надо заменить на количество из пункта 8
  10. Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы.
       grompp -f em -p pep -c pep_s-o pep_s
       genion -s pep_s -o pep_si -p pep -np X
       
    где Х это количество положительных ионов необходимых для нейтрализации заряда системы.
  11. Проведем "утряску" воды:
       grompp -f pr -c pep_si -p pep -o pep_pr -maxwarn 1
       mdrun -deffnm pep_pr -v
       
  12. Переформатируйте pep_pr.gro и pep_si.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
  13. Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo.
     
       ssh skif
       mkdir nano/Ivanov
       exit
       
  14. Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:
       cd ..
       scp -r md/* skif:nano/Ivanov/
       
  15. Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.
       ssh skif
       cd nano/Ivanov
       grompp -f md -c pep_pr -p pep -o pep_md -maxwarn 1
       mpirun  -np   16 -q test -maxtime 5  /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm pep_md -v
       
    Запишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счета можно в файле mdrun_mpi.out-....
       less mdrun_mpi.out-....
       Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
       
  16. Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.
       mpirun  -np   16 -maxtime 1200  /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm pep_md -v
       

Ориентировочное время счета 10 часов.

-- AndreyGolovin - 2011-04-07

r5 - 2012-04-14 - 06:42:16 - AndreyGolovin
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback
Syndicate this site RSSATOM