Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/view/Education/PepMelAnalysis?cover=print.nat
Дата изменения: Unknown Дата индексирования: Fri Feb 28 22:55:36 2014 Кодировка: UTF-8 |
trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc molОткройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+transЗанесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходят изменения. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_1И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_2 -prev 400
g_sas -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o sas_pep.xvgПостройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
g_hbond -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pepНе менее интересно будет изучить количество вдородных связей пептид-формамид.
g_hbond -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep_slПостройте зависимости и добавтье к отчету. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
do_dssp -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o ss # Для просмотра переведем xpm в eps xpm2ps -f ss.xpm -o ss.eps -by 10Сравните Ваши визуальные наблюдения и расчет вторичной структуры. Наблюдения внесите в отчет.