SELEX

Метод иррационального дизайна был разработан для выделения молекулы (или их фрагментов) нуклеиновых кислот, специфически узнающих интересующий белок-мишень. С помощью SELEX получают небольшие молекулы НК - аптамеры, которые по специфичности и аффинности являются функциональными аналогами моноклональных антител. На Рисунке ниже представлена схема метода SELEX для аптамерных ДНК, которая состоит из повторяющихся циклов селекции. Ключевым этапом является связывание библиотеки с иммобилизованным белком. На этом этапе из колоссального множества молекул отбираются только те, которые имеют сродство к мишени. После элюции не связавшихся молекул, из комплекса высвобождаются связанные аптамеры. Аптамерные ДНК амплифицируются с помощью ПЦР и далее с двутяжевой ДНК снимается однотяжевая копия с помощью асимметричной ПЦР. Полученная однотяжевая ДНК вновь используется повторного цикла селекции. На последующих циклах слабо связывающиеся аптамеры вытесняются аптамерами с высоким сродством и специфичностью к мишени. Полученная после нескольких циклов селекции фракция, как правило, представляет собой смесь аптамеров с различным сродством к мишени. Последующее клонирование и секвенирование позволяет выделить индивидуальные молекулы. Для молекул РНК на начальном этапе отбора аптамеров включается реакция транскрипции с матрицы ДНК, а далее связывание фракции РНК с иммобилизованным белком-мишенью, удаление несвязавшихся молекул РНК, элюцию связавшейся обогащенной фракции РНК, синтез кДНК на обогащенной РНК и получение двутяжевой ДНК, чтобы провести следующий цикл селекции.

-- AndreyGolovin - 2009-10-13