Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/rdiff/Education/SelfAss?rev1=3&rev2=2
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Fri Feb 28 21:29:32 2014
Кодировка: UTF-8
%TOPICTITLE% (2 vs. 3) - TWiki
Educational supplies
View   r3  >  r2  ...
SelfAss 3 - 2012-04-13 - Main.AndreyGolovin
Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="NanoMod2011"

Моделирование самосборки липидного бислоя

Changed:
<
<
  1. Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md
>
>
  1. Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
 
  1. Вам даны файлы,скачайте их в рабочую директорию:
    • дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp.
    • параметры для липидов lipid.itp.
Line: 10 to 10
 
    • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
    • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp .
    • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp .
Added:
>
>
  1. Скопируйте с помощью WinScp директорию Ivanov на kodomo. Файлы можно скачать также с помощью WinScp.
 
  1. Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию. 
    cd Ivanov/md
  2. На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами. 
    genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
Changed:
<
<		 c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol .
>
>		 c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol.
 
  1. В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
  2. Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.

Line: 35 to 36
  grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1 mdrun -deffnm b_pr -v
Changed:
<
<
  1. Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
>
>
  1. Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
 
  1. Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo. 
       ssh skif

Revision 3r3 - 2012-04-13 - 16:44:32 - AndreyGolovin
Revision 2r2 - 2011-04-27 - 12:25:15 - AndreyGolovin
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback
Syndicate this site RSSATOM