Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/rdiff/Education/NanoMod2011?rev1=4&rev2=3
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Fri Feb 28 22:18:54 2014
Кодировка: UTF-8
%TOPICTITLE% (3 vs. 4) - TWiki
Educational supplies
View   r4  >  r3  ...
NanoMod2011 4 - 2011-04-07 - Main.AndreyGolovin
Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="WebHome"
Line: 73 to 73
 
Added:
>
>

Анализ результатов

Пакет программ Gromacs предоставляет много инструментов для анализа траекторий и свойств динамики. Суть любого анализа сводится к пониманию специфики динамики конкретной системы.

Результаты анализа выдаваемые GROMACS имеют расширение xvg ( программа GRACE), но формат самих файлов текстовой, так что построение графиков можно делать в excel.

Предлагаю называть результаты анализа согласно общему шаблону:

  • Tool_system_param, где
    • Tool- это название программы которой проводили анализ
    • sytem- это либо b (бислой) либо dna (ДНК).
    • param- это некое дполнительное описание.

  • Пример : g_rmsd_dna_1

Внимание ! Опции программы анализа вы можете узнать, набрав: имя_программы ?h

Связи с тем, мы работаем с разными системами, то для каждой системы предлагается свой подход к анализу:

Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул.

 

Revision 4r4 - 2011-04-07 - 15:41:01 - AndreyGolovin
Revision 3r3 - 2011-04-07 - 12:20:55 - AndreyGolovin
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback
Syndicate this site RSSATOM