1. Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому скачайте его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше):

Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя.

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out...

Занесите в отчет информацию о времени моделирования, продолжительности моделирования и количество использованых процессоров.

1. Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.

      trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 
      

   Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:

      trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
      

   Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
2. Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.

      g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
      

   В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трех то, что вам надо. Загрузите этот файл в Excel. И постройте зависимость площади по соотвествующим осям от времени. Норимруйте это значание на один липид.
3. Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.

      g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg
      

   Постройте в Excell зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
4. Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому скачайте его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ. Для конца траектории:

      g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000
      

   И для начала траектории

      g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000
      

   Постройте зависимости в Excel и добавтье к отчету. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.

-- AndreyGolovin - 2011-04-07