| |
| META TOPICPARENT |
name="NanoMod2011" |
Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя.
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... |
|
<
< | Занесите в отчет информацию о времени моделирования, продолжительности моделирования и количество использованых процессоров. |
| |
- Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.
|
| |
g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
|
|
<
< | В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трех то, что вам надо. Загрузите этот файл в Excel. И постройте зависимость площади по соотвествующим осям от времени. Норимруйте это значание на один липид. |
>
> | В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трех то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое. |
| |
- Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.
g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg
Постройте в Excell зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
|
|
<
< |
- Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому скачайте его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ.
|
>
> |
- Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому скачайте его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше):
|
| | Для конца траектории:
|
|
<
< | g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 |
>
> | g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P |
| |
И для начала траектории
|
|
<
< | g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 |
>
> | g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P |
| | |
|
<
< | Постройте зависимости в Excel и добавтье к отчету. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.
Напоминаю! Все построенные в Excel зависимости должны быть представлены в отчете и должны сопровождаться обсуждением и выаодами |
>
> | Постройте зависимости и добавтье к отчету. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.
Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчете и должны сопровождаться обсуждением и выводами |
| | |
Copyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.