Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/rdiff/Education/A2bAnalysis?rev1=3&rev2=2
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Fri Feb 28 22:10:39 2014
Кодировка: UTF-8
%TOPICTITLE% (2 vs. 3) - TWiki
Educational supplies
View   r3  >  r2  ...
A2bAnalysis 3 - 2011-05-04 - Main.AndreyGolovin
Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="NanoMod2011"

Анализ результатов моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде.

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out...

Deleted:
<
<		Занесите в отчет информацию о времени моделирования, продолжительности моделирования и количество использованых процессоров.
 
  1. Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.

Line: 27 to 26
  
   g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
Changed:
<
<		 Постройте в Excell зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А.
>
>		 Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А.
 
  1. Традиционным анализом для ДНК является расчет колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:

Line: 37 to 36
  
   g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna_sol
Changed:
<
<		 Постройте зависимости в Excel и добавтье к отчету. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. делайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А. Напоминаю! Все построенные в Excel зависимости должны быть представлены в отчете и должны сопровождаться обсуждением и выаодами
>
>		 Постройте зависимости и добавтье к отчету. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода из В в А. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчете и должны сопровождаться обсуждением и выаодами
  -- AndreyGolovin - 2011-04-07 \ No newline at end of file

Revision 3r3 - 2011-05-04 - 09:44:07 - AndreyGolovin
Revision 2r2 - 2011-04-09 - 07:54:22 - AndreyGolovin
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback
Syndicate this site RSSATOM