Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://chem.msu.ru/rus/theses/2014/2014-09-30-nesterchuk/abstract.pdf Дата изменения: Tue Oct 7 00:52:17 2014 Дата индексирования: Mon Apr 11 05:06:05 2016 Кодировка:

S6

02.00.10 ­



- 2014


« ..». : , , « ..» : , , - , , «- - » - . , , « .. .. ». : « ».

16 2014 16.00 501.001.41 « .. » : 119991, , , . 1, . 40, , «», 501.

.. , .. ( http://www.chem.msu.ru/rus/theses/2014/2014-09-30-nesterchuk/)

___ 2014 .

, ,

..

2


. ­ . . , ­ , . ­ , , , . . , . . , «» , , , . , , «» , . . , . 2009 . . . , . ­ , , , , . , . Escherichia coli S6. - . RimK. . , ( ) ­ . S6 ­ (pI 5,26). (pI 4,93). S6 E. , RimK . S6 Escherichia coli. . -, , , . -, , , RimK. S6 S6 . , , -, , S6. . S6. 3


. S6, S6 . , RimK S6 . , . , . , , S6 . . . , . . 3 1 . «-2010» (, ), - « » (, , 2012), 38- FEBS "Mechanisms in Biology" (-, , 2013), «Ribosomes» ( , , 2013). . 108 : , ( E. coli), , , . 52 5 . 105 . 1. JW0836, rimK, , S6. BW25113 ( ). , . rimK rpsF, S6, , rpsF, 4 , (. 1). , . , , S6 - rimK-S6-E4cat ( rimK-S6-cat).

4


1. E. coli. rimK S6 . rimK-S6-E4-cat 4 rpsF, rimK-S6-cat ­ . S6-ver-f S6-ver-r, , rpsF. , , . - . , rpsF, - S6, , . 2. S6 , , S6, ? , S6 . S6 , . S6 S6. , S6 E. coli (. 2). , S6 . rimK, S6 .

5


2. S6 S6. , . S6 . , . S6 S6, S6 . , , S6 rimK-S6-E4-cat, , rimK-S6-cat. . 3.

3. S6 S6. , , , . , S6. , , S6 S6. 3. RimK C RimK , 30S, 70S, 100S. , - . , 6 S6, S6 RimK , S6 .


, RimK S6, S6 . c S6 in vitro. rimK, S6, RimK. 70S, 30S 100S rimK , , (TP70), S30 . . S6 RimK 14C . , . . 4. (. 4), RimK S6 30S, 70S 100S . S6 . in vitro , , , S6 . , , rimK, S6 . , S6 . , , S6 (. 4).

4. In vitro S6 RimK c . , . S6 . (70S, 30S, 100S , ­ 70, S30 ). rimK , in vitro S6 RimK , . RimK, in vitro . 4. S6 , S6 , RimK S6 . ­ S6. 7


, , S6 , , . rimK . S6 , , . . , , S6, , S6. , «» . Cy3, ­ Cy5. . . ­ , ­ . . 5. , rimK , , . , . 5. , , , . - . , , . rimK .

5. rimK . ­ , ­ . Cy3, rimK ­ Cy5. - . , , 8


- , . , Cy5 Cy3, ( -). , , . , rimK (. 6). , S6 ( ), rimK . , S6 , , , .

6. rimK . , ­ Cy3,

­ . rimK ­ Cy5.

, . , , . rimK , Cy5 (. 7).

9


7. in vivo rimK. (1) . (2, 3, 4) 0,5; 1 2 , . ­ HPG . ­ , . , , S6 , , . , S6 , , rimK. S6 S6. rimK . , S6 . , , . , , . , , , . S6 . 10


5. S6 in vitro , S6, ? S6 , - , S6? in vitro , rimK . in vitro in vitro . , . 8 , , S6 ( ), , ( rimK ). , , . , . , S6 ­ . . : 8. YfiA, RMF, HPF, YbeB, EttA, YqjD. rimK in vitro . , . . , , , . , S6. 6. S6 , RimK, , S6, . ? , rimK . rimK 37° LB 12 . . . 9. 11


9. rimK . 6 , 6- rimK , . 7- . (growth advantage in stationary phase ­ GASP ). , , , . . rimK, S6, GASP 2 . . rimK 37° LB 12 , , . rimK , . . 10.

12


10. rimK . GASP , rimK . rimK, (. 11).

11. rimK . . . , , , , . .

13


7. S6 c , . . , . , : , . , , , , « », . , , . HipA, - , . RelE MazF , , . , RMF . () , . , rimK (. 12). , 100 , . S6 .

12. () rimK . , . , FastFT, . , 14


0,25 , . , 7 , . , ( FastFT ) ( -). . 13, . 14.

13. . FastFT

- FastFT. , FastFT .

, FastFT, rimK. 48 . , FastFT . (. 15). ( FastFT), rimK ( - FastFT ). S6 .

15


14. . . rimK -. , , : , 10% -. , , , , -, . rimK . rimK FastFT. . 2 ( FastFT ). rimK - , 4 .

16


15. rimK, - FastFT.

17


, rimK, FastFT, (. 16). , , , E. coli , FastFT . rimK , , FastFT. , FastFT. rimK , . , - .

16. rimK, - FastFT. FastFT, ­ FastFT. () . (B) rimK . (C, E) 1 7 , . (D, F) rimK 1 7 , . , , . 18


, S6 . , rimK . , . . , . S6 , . S6 . S6 , . , rimK , , . , S6 . , S6 . - S6 , . S6 5'- . - S6, DDAEAGDSEE, , . - -6. . (. 17).

17. - S6 c . 19


. , . «» , , , , . . , rimK. , S6, , . , , . S6 , , . , , . RimK, , . . ( , ), . , S6, mTOR-, , . . ­ L12, , . , S6 ­ , .

20


1. . S 6. S6

2. , S6 . S 6. 3. in vitro S6. S6 . 4. , S6 , S6 . 5. , S6 . 6. , S6 «» .

21


, : 1. .., .., .. Escherichia coli. // Acta Naturae. 2011. . 3. 2 (9). . 24-35 2. .., .., .., .., .., .., .., .., .., .. . // . 2011. . 37. 1. . 8190. 3. Sergiev P.V., Golovina A.Y., Sergeeva O.V., Osterman I.A., Nesterchuk M.V., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. How much can we learn about the function of bacterial rRNA modification by mining large-scale experimental datasets? Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. 5694-5705. 4. Sergiev P.V., Golovina A.Y., Prokhorova I.V., Sergeeva O.V., Osterman I.A., Nesterchuk M.V., Burakovsky D.E., Bogdanov A.A. and Dontsova O.A. // Modifications of Ribosomal RNA: From Enzymes to Function; In: Rodnina M., Wintermeyer W., Green R. (Editors). Ribosomes. Structure, Function, and Dynamics. Springer Verlag, Wien. 2011. P. 97110. 5. .. S6 E. coli. «-2010». «». 12-15 2010. , . 6 .., .., .. S6 E. coli. « ». 3-7 2012. , . 7. Nesterchuk M.V., Sergiev P.V., Dontsova O.A. Posttranslational modification of protein S6 in E. coli leads to suppression of translation in stationary phase. FEBS Congress 2013 "Mechanisms in Biology". 6-11 July 2013. Saint Petersburg, Russia. 8. Sergiev P.V., Nesrerchuk M.V., Osterman I.A., Haliullin B.G., Evfratov S.A., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. Modification of bacterial ribosome in control of the stationary phase translation. Ribosomes 2013. 9­12 July 2013. Napa Valley, USA.

22