Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://num-meth.srcc.msu.ru/zhurnal/tom_2008/v9r126.html
Дата изменения: Thu Jul 3 14:00:20 2008 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:57:02 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL
Романов А.Н., Кондакова О.А., Григорьев Ф.В., Сулимов A.В., Лущекина С.В., Мартынов Я.Б., Сулимов В.Б. |
Описан принцип функционирования и первоначальное тестирование программы
позиционирования (докинга) низкомолекулярных лигандов в активном центре
протеинов
и других биологических объектов. Подобные процедуры широко используются в
ходе
структурно-ориентированного процесса разработки новых лекарственных средств.
Для
оптимизации положения лиганда используется генетический алгоритм, при этом
оптимизируются внутренние степени свободы лиганда (разрешенные вращения
вокруг
одинарных химических связей), а также степени свободы, связанные с положением
лиганда как целого в активном центре биологической макромолекулы. Оптимизация
положения лиганда производится по результатам оценки энергии взаимодействия
лиганда
с макромолекулой, а также
оценки внутренней энергии лиганда. Вычисление энергии
осуществляется в рамках модели силового поля MMFF94. Эффекты десольватации в
процессе образования комплекса учитываются c использованием обобщенной
борновской модели. Программа также оценивает свободную энергию образования
комплекса лиганда с макромолекулой и осуществляет кластеризацию найденных
решений, основываясь на сходстве соответствующих им пространственных положений
лиганда. Первоначальное тестирование программы на примере докинга набора
лигандов в
несколько популярных биологических мишеней выявило ее способность корректно
располагать лиганды в активном центре протеинов, а также производить виртуальный
скрининг~--- отбирать активные соединения из содержащего их набора и
соединения, не проявляющие активности на данной биомишени.
Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 06-03-33171).
|
Романов А.Н., Григорьев Ф.В., Лущекина С.В., Мартынов Я.Б., Сулимов В.Б. - Научно-исследовательский
вычислительный центр, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, 119991, Ленинские горы, Москва;
e-mail: fedor.grigoriev@gmail.com,
vladimir.sulimov@gmail.com
Кондакова О.А., Сулимов A.В. - ООО "Димонта", ул. Нагорная, д. 15, корп. 8, 117186, Москва; e-mail: vladimir.sulimov@gmail.com |