Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло

Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло
Григорьев Ф.В., Жабин С.Н., Романов А.Н., Сулимов В.Б.

Представлены результаты расчетов гидрофобной составляющей свободной энергии формирования комплексов белок-лиганд, обусловленной образованием/уничтожением полости в воде. Изменение свободной энергии вычислено для трех комплексов белок-лиганд методом термодинамического интегрирования. Термодинамический цикл для расчета состоял из двух стадий: уничтожение полости, соответствующей лиганду в свободном состоянии в воде, и ее создание в активном центре белка. Показано, что для всех исследованных комплексов изменение гидрофобной составляющей свободной энергии отрицательно и основной вклад в нее обусловлен уничтожением полости лиганда в свободном состоянии. Расчеты проведены с использованием параллельной версии программы CAVE. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 06-03-33171).

Григорьев Ф.В., Жабин С.Н., Романов А.Н., Сулимов В.Б. - Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, д. 1, стр. 4, Ленинские горы, 119991, Москва; e-mail: fedor.grigoriev@gmail.com, vladimir.sulimov@gmail.com