|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://num-meth.srcc.msu.ru/zhurnal/tom_2007/v8r136.html
Дата изменения: Mon Nov 12 15:08:23 2007 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:52:20 2012 Кодировка: Windows-1251 |
|
Двухступенчатая методика расчета свободной энергии образования
субнанометровых полостей в воде методом термодинамического интегрирования
Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Сулимов В.Б. |
|
В работе представлена оригинальная двухступенчатая схема расчета свободной энергии образования полостей различных объема и формы в воде методом термодинамического интегрирования. Статистические интегралы вычисляются с использованием моделирования ансамбля молекул воды методом Монте-Карло с наложением периодических граничных условий. Реализация предложенной схемы осуществлена в программе CAVE (CAVity free Energy). С целью определения оптимальных параметров моделирования в рамках предложенного алгоритма проведены тестовые расчеты по определению свободной энергии кавитации для сферы, а также для нескольких органических молекул малого и среднего размера. Взаимодействие между молекулами воды описывалось в рамках четырехточечной неполяризуемой модели TIP4P. Для тестирования программы CAVE с ее использованием был рассчитан при нормальных условиях ряд термодинамических характеристик TIP4P-модели. Все найденные величины совпадают в пределах погрешностей с известными ранее. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 06-03-33171). |
| Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Сулимов В.Б. - Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, 119992, Ленинские горы, Москва; e-mail: fedor.grigoriev@gmail.com vladimir.sulimov@gmail.com |